DNA jel elektroforezi
Jel elektroforezi, nükleik asitlerin ve proteinlerin analizi için yaygın olarak kullanılan bir tekniktir. Agaroz jel elektroforezi,
DNA'nın hazırlanması ve analizi için rutin olarak kullanılır.
Jel elektroforezi, bir elektrik alanın etkisi altında bir jel boyunca hareket hızlarına göre DNA moleküllerini ayıran bir prosedürdür.
PCR ürünlerinin varlığını ve boyutunu belirlemek için agaroz jel elektroforezi kullanılır. PCR ürünlerinin DNA jel elektroforezinde
yürütülmesi E. coli plazmidlerinin varlığını gösterir.
DNA jel elektroforezi nasıl çalışır?
DNA negatif yüklü bir moleküldür (Fosfat gruplarından ötürü).
Bir elektrik alana yerleştirildiğinde, DNA negatif kutuptan pozitif kutuba doğru göç eder.
Polimerleştirilmiş agaroz (sülfat içermeyen agar), DNA'nın hareketine izin veren gözenekli bir yapıdadır.
DNA jel elektroforezi nasıl çalışır?
Agarozun gözenekli yapısından ötürü farklı boyuttaki DNA fragmanları negatif kutuptan pozitif kutuba giderken boyutları
ile orantılı bir şekilde birbirlerinden ayrılırlar.
Büyük DNA molekülleri daha yavaş yürürken, küçük DNA molekülleri daha hızlı ilerler.
Boyutları bilinen bir gösterge (DNA marker) aracılığı ile ilgili DNA parçasının boyutu ve yeri saptanabilir.
DNA jel elektroforezi
1)500 ml TAE tamponu hazırlanır (10X).
2) %1’lik agaroz jel hazırlanır. (Agaroz 100 mL TAE içinde ısıtarak çözülür daha sonra 1 μl etidium bromür ilave
edilir.
3)Hazırlanan agaroz tarakları yerleştirilmiş jel tankına dökülür.
4) E. coli plazmit DNA’sına yürütme boyası eklenir. Bu işlem parafilm üzerinde yapılarak boya ve DNA
karıştırılır.
DNA jel elektroforezi
5) Tanka TAE tamponu eklenir.
6) Jelin tarakları yavaşça çıkarılır ve 3 μl marker DNA’sı 1. kuyuya, DNA’lar ise 4 μl olacak şekilde diğer kuyulara yüklenir.
7) 5 V/cm olacak şekilde güç kaynağı ayarlanır.
8) Görüntüleme cihazı açılır ve UV ışık altında örnekler incelenir.
