Dr. HATİCE MUTLU EYİSON

3.Kısım

Dr. HATİCE MUTLU EYİSON

Metabolizma ve Enzimler

Hücre içinde meydana gelen enerji

transformasyonlarına yani kimyasal değişmelerin toplamına metabolizma denir. Metabolizma

olaylarına hem katabolizm hem de anabolizm olayları girer.

Katabolizma maddelerin parçalanması, anabolizma yeni maddelerin sentezlenmesidir.

Katabolik reaksiyon ekzergonik'tir. Yani bu olaylar

sırasında enerji açığa çıkar. Anabolik reaksiyonlar

ise endergonik'dir. Yani bu olaylar sırasında enerji

kullanılır.

Meydana gelen enerji hücrede enerji depolayan ve adenozin trifosfat (ATP) denen molekülde tutulur.

Hücre yeni ve kompleks maddelerin sentezi, yani anabolik olaylar için bu enerjiyi kullanır.

Hücre bir fabrika gibi çalışarak sayısız maddelerin parçalanmasını ve sentezini yapar.

Hücrede bu olaylar belli bir vücut sıcaklığında, düşük iyon konsantrasyonunda, dar bir aralığa giren pH derecelerinde meydana gelir.

Hücrede enerji transformasyonları yukarda sayılan şartlar altında enzimler aracılığı ile molekül

seviyesinde yapılır.

Enzimler hücrelerin çeşitli organellerinde yer alır ve

makromolekül yapısına girerler.

Enzimler hücredeki kimyasal reaksiyonların hızını arttıran biyolojik katalizörler olup protein moleküllerinden yapılmış özel bir kimyasal madde grubudurlar.

Enzimler katalizör olarak girdikleri kimyasal

reaksiyonlarda, reaksiyon sırasında substrat denen madde ile birleşerek bir ara madde olan enzim-

substrat kompleksi'ni meydana getirirler ve reaksiyon sonunda başlangıçtaki hallerine dönerler.

Bu arada substrattan yeni ürünler meydana gelir.

Bu reaksiyon sırasında enzim ile reaksiyona girdiği

substrat arasında devamlı ve kuvvetli bağlar kurulmaz.

Bu olay genellikle geriye dönebilen (reverzibl) bir olaydır ve aşağıda gösterildiği gibi olur.

Enzim + Substrat Enzim – Substrat kompleksi (ES) Enzim + Ürün

Enzim terimi genel bir terimdir. Enzimin üzerinde

aktivite gösterdiği maddenin adının sonuna "az" eki getirilerek beli bir enzimin adı elde edilir.

Proteinleri etkileyen enzimlere genel olarak

proteinaz, fosforik esterleri etkileyenlere fosfataz denir.

Dehidrojenazlar pek çok kimyasal maddeden hidrojeni ayıran enzimlerdir (süksinik

dehidrojenaz, glütamik dehidrojenaz vs)

Hidrolazlar geniş bir grup hidrolitik enzimler'dir.

Su eklenmesi ile bir çok maddeleri parçalarlar.

Reaksiyon tipine göre enzimleri sınıflandırmak

mümkündür. Buna göre enzimleri altı sınıfa ayırmak mümkün olur.

Oksidoredüktazlar oksidasyon ve redüksiyon reaksiyonlarına,

Transferazlar bir maddedeki bir kimyasal grubun diğer bir kimyasal maddeye aktarılmasına,

Hidrolazlar su ile parçalama reaksiyonlarına, Liyazlar çift bağlara bir grup eklemeye veya çıkarmaya,

İzomerazlar izomerizasyonları katalizlemeye

Ligazlar (sentetazlar) bir fosfat bağı parçalayarak

iki molekülü birleştirmeye girerler.

Bazı enzimler bir veya bir kaç küçük iyon veya molekül yardımı ile aktivite gösterirler. Bu

maddelere aktivatör denir. Mg

ve Ca

böyle aktivatörlerdir.

Aktivatörlerin etkisi bazen kantitatiftir. Aktivatör bulunmazsa enzim faaliyeti olmaz.

Bazı aktivatörler spesifik olurlar. Bunlara koenzim denir. Genel olarak koenzimler kompleks yapılı

organik moleküllerdir ve reaksiyona girerler (H ve

fosfat gibi).

Apoenzim (Protein Kısmı)

İnaktif

Kofaktör

(Protein olmayan kısım) Aktivatör

Holoenzim (Tam enzim)

Aktif

Koenzim

Substrat

© 2004 Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings

Faal olmayan enzime apoenzim denir. Apoenzim ile koenzim birlikte faal olan holoenzim'i teşkil ederler.

En önemli koenzimler arasında nikotinamit adenin dinükleotit (NAD⁺) ve nikotinamit adenin

dinükleotit fosfat (NADP⁺) vardır. Bunlar dehidrajenazları aktive ederler.

Hücrede enerji verecek katabolik olaylar için NAD⁺ ye, anabolik olaylar için NADP⁺ ye ihtiyaç vardır.

Aşağıdaki formülle gösterilen reaksiyonda substrattan iki tane elektronlu H çekirdekleri koenzimle (NAD⁺)

aktarılmaktadır. Bu bir oksidasyondur. Reaksiyonun yönü ters olursa substrat indirgenir. Bu da bir redüksiyondur.

Substrat + NAD⁺ + Enzim Okside olmuş substrat + NADH + H⁺

Aktif Merkez

Bugünkü anlayışa göre enzimlerle yapılan reaksiyonlar sırasında substrat kendini enzimin bir komponentine bağlar.

Bu bağlanma için enzim üzerinde spesifik olan bir yer veya yerler vardır. Bu noktalara aktif merkez denir.

Enzim molekülünün aktif merkezi kompleks bir yapı gösterir.

Substrat enzimin aktif merkezi ile bağlanarak substrat- enzim kompleksini meydana getirir.

Substratla aktif merkez arasında sabit kimyasal bağlar meydana gelmez. Çünkü reaksiyon sonunda enzim ile meydana gelen ürün ayrılacaktır.

Bu bağlar kovalent bağlar değildir. İyonik bağlar, hidrojen bağları, van der Waals kuvvetleri'yle bağlar teşekkül eder. Bu bağlanmalar kısa süreli interaksiyonlardır.

Substratın enzimin aktif merkezine bağlanması bir

anahtarın kilide uymasına benzer. Bu görüş 1884'de Fischer tarafından geliştirilmiştir.

Bu model enzimlerin ne kadar spesifik olduğunu iyi bir şekilde açıklar.

Aktif merkez, sadece o merkeze uygun üç boyutlu yapıdaki molekülü bağlar, diğerlerini bağlamaz.

Aktif merkezler öncelikle proteinin primer yapısı ile ilgilidir. Fakat sekonder ve tersiyer yapıların da ilgisi vardır.

Her ne kadar anahtar kilit modeli enzimin

spesifikliğini çok iyi açıklıyor ise de bazı enzimlerin davranışını bu model ile açıklamak mümkün

olmamaktadır.

Özellikle anahtar kilit modeli sekonder ve tersiyer yapılardaki enzim-substrat etkileşimini tam

açıklayamadığı için Koshland tarafından yeni bir model geliştirilmiştir.

Bu modele göre enzimin yapısı, katı, değişmez bir

yapı değildir. Substrat enzimin aktif yerindeki amino asit dizisi ile reaksiyona girer ve enzimin şekli uygun şekle değişerek faal olan kimyasal bölgesi substrata yakınlaşır ve katalizör etkisini yapar.

S

+

E

Aktif merkez

Enzim-Substrat kompleksi

E

S

+

Enzim-Substrat kompleksi c

b

a

c

b

Fischer modeli

(Anahtar Kilit Modeli)

Koshland modeli

Vitaminler

Vitaminler besinsel ihtiyaçlar arasında bulunan maddelerdir. Çeşitli canlıların vitamin ihtiyaçları tespit edilmeye çalışılmaktadır. Vitaminlerin

bazıları temel vitaminlerdir. Genel olarak

vitaminlerin fazlası depolanmaz, vücuttan atılır.

Bazı vitaminler besinle alınır. Bazıları da vücutta yapılır.

Vitaminlerin bazıları koenzim olarak önemlidir.

Vitaminler çözünme özelliklerine göre iki gruba ayrılır;

1.Suda çözünen vitaminler

2.Yağda çözünen vitaminler

Suda Çözünen Vitaminler Bu vitaminler suda çözünürler.

C vitamini (askorbik asit) B

vitamini (tiyamin),

B

vitamini (riboflavin)

B

vitamini (pantotenik asit)

B

vitamini (niyasin=nikotinamit) B

vitamini (piridoksin)

B

vitamini (biyotin) B

vitamini (folik asit)

B

vitamini (kobalamin) bu gruba girerler.

İnositol ve kolin de, bazı besin araştırıcıları

tarafından B vitamini çeşidi olarak kabul edilir.

Bu maddelerin kimyasal ilişkileri fazla değildir.

Herhangi bir tanesinin yokluğu avitaminoz hastalıklarının ortaya çıkmasına yol açar.

Meselâ B vitamini noksanlığı Beriberi hastalığı'nın ortaya çıkmasına sebep olur. Çeşitli sebze ve

meyvelerde, ette, sütte bu vitaminler bulunurlar.

C vitamini portakal ve benzeri meyveler ile domateste bulunur.

Çeşitli B vitaminlerinin kaynakları farklı olabilir.

Bitkilerde veya ette bulunabilirler. B12 vitamininin kaynağı toprak mikroorganizmalarıdır.

Yağda Çözünen Vitaminler

Bu vitaminler yağda çözünürler.

A, D, E, K vitaminleri bu gruba girer.

A vitaminlerinin öncüleri başlıca karoten'de bulunur.

A vitamini A1 ve A2 şekillerinde bulunur. A1 vitamini retinol-1 dir.

Hayvan dokuları A vitamini -karotenden sentezler.

Retinen, A vitamini kapsayan bir karotenoiddir.

Retinen bir proteinle beraber, gözde, çomak

hücrelerinin ucundaki görme purpurunu meydana getirir.

Görme epitelinin düzgünlüğü için A vitamini gerekmektedir.

Süt, yumurta, peynir ve yağ A vitamini kaynaklarıdır.

Havuç da zengin bir A vitamini deposudur.

D vitamini kemik ve diş teşekkül ve gelişmesinde önemlidir.

Vücutta güneş ışığından D vitamini yapılmaktadır. Güneş ışınları sterolleri aktive ederek D vitamini teşekkülüne yol açmaktadır. On kadar D vitamini öncüsü vardır.

D vitamini en çok balık karaciğerinde bulunur (uskumru, sardalya gibi). Balıkların yağında da D3 vitamini bulunur.

D vitamini bir steroiddir.

E vitaminine tokoferol denir. Bir karotenoiddir.

Bu vitamin eşey hormonlarının iyi çalışmasını sağlar.

Bu vitaminin yokluğu erkeklerde kısırlığa, dişilerde normal döl verilmemesine yol açar.

Yedi kadar E vitamini çeşidi vardır. Biyolojik olarak en aktif ve yaygın olanı  - tokoferol'dur.

Buğdayda ve yeşil bitkilerde bulunur.

K vitamininin fillokinon (K

) ve farnokinon (K

) tipleri vardır.

K vitamini de bir karotenoiddir. Kanın pıhtılaşmasını sağlar.

K

vitamini bitkilerde bulunur. Yumurta, peynir ve karaciğerde de vardır.

K

vitamini bakterilerin metabolik artıkları arasında

bulunur.



1- Audesirk, T. and Audesirk, G. (1999) Biology, Life on Earth. Fifth Edition. Prentice Hall, Upper Saddle River, New Jersey.



2- Campbell, N.A. & Reece, J.B. Biyoloji. Altıncı baskıdan çeviri. Çeviri editörleri: Prof. Dr. Ertunç GÜNDÜZ, Prof. Dr. Ali DEMİRSOY, Prof. Dr. İsmail TÜRKAN, Palme Yayıncılık, 2006.



3- Hücre Biyolojisi, Sevinç KAROL, Cevat AYVALI, Zekiye SULUDERE. 4.Baskı, 2000, Öğün. Matbaacılık.



4- Sitoloji, M.Turan AKAY, Palme Yayıncılık, 2002.