İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik AD ve Perinatoloji BD
Sunan: Prof. Dr. Atıl YÜKSEL
450 500 600 700 bant/haploid set
~ 500 bant çözünürlükte
~ 1 bant 6 milyon nükleotid (~6 Mb ve 10’larca gen)
Metafaz Prometafaz(HRBT)
~500 bant düzeyinde “Karyotipleme”
•Tek test tüm genom/kromozomlar
•Tüm sayısal anomaliler
•> 6 Mb lık yapısal anomaliler (dengeli ve dengesiz)
• Klinik yönlendirme varsa bilinen mikrodelesyon sendromları (~ 3-5Mb)
•Mozaisizm tanınabilir Dezavantajları;
• Hücre kültürü gerektirir
• Otomatizasyonu zordur
• Tanı subjektiftir ve bu nedenle deneyim önemlidir
• Prenatal tanıda klinik yönlendirme olmadığından ilave test olanağı sınırlıdır.
Yenidoğanda KROMOZOM ANOMALİ oranı 1:156 ı
Dengeli yapısal anomali oranı %0.4
Williams s. del(7)(q11.23)
İnsan Genetik Varyasyonlarının Sınıflandırılması
Tüm varyasyonların
% 90’ı
Tüm varyasyonların % 10’u
(yapısal varyantlar) Nükleotid Substitüsyonları (SNPs)
Tekrar dizileri
İnsersiyon/delesyon varyantları Blok substitüsyonlar
İnversiyon varyantları
Kopya sayısı varyantları (CNVs)
Genomda 300 bp de bir nükleotid polimorfiktir. Halen 12 milyon SNP tanımlanmıştır.
Genelde iki formda olur (A ya da G; C yada T gibi).
Single nucleotide
polimorfizm (SNPs) ;
Kopya sayısı varyantları (CNVs);
Referans genomla kıyaslandığında, farklı sayıda bulunan, boyutu 1 kb veya daha fazla olan DNA segmentlerine Kopya Sayısı Varyasyonu (CNV) denir.
Patojenik olarak tanımlanmış değişimler
Zararsız (benign) olarak tanımlanmış değişimler
Klinik anlamı henüz kesin olarak bilinmeyen
(Variants of uncertain significance -VOUS)
değişimler
Olgu Kontrol
Cy5 Cy3
Chromosome 15
Chromosome 15
Anne
Baba Chromosome 1
Chromosome 1
Chromosome 1
Olgu Chromosome 15
a-CGH
Targeted: Subtelomerik ve perisentromerik bölgelerle, bilinen delesyon ve duplikasyonlar hedeflendi.
Subtelomerik ve perisentromerik bölgeler güçlendirildi, “targeted” bölgelerin dışına ek proplar ilave edildi.
Tüm genomu kapsar.
Array çözünülürlüğü 15.000-4.200.000 prop arasında değişmektedir.
Tanısal gücü maksimize eden ve VOUS olasılığını
minimize eden optimum filtre kullanılmalıdır (400
kb)
Konvensiyonel sitogenetik yöntemler: ~%25
Subtelomerik FISH: %4-8
Lokus spesifik FISH: Klinik yönlendirme önemli
MLPA: %1.3 - %6.5
Etiyolojisi açıklanamayan: ~%50
Normal karyotipli MKA/MR olgularında a-CGH katkısı: ~%10-17
Postnatal etkilenmiş bireylerde;
de novo dengeli yeniden düzenlenmelerdeki katkısı: ~%40
Kırık noktalarından bağımsız bölgelerde genomik
dengesizlik: ~%20
Ultrasonografi ile saptanan fetal
anomalilerde geleneksel karyotipleme ile anormal sonuç elde etme sıklığı %8-
%35 arasında değişir (Faas et al., 2010;
Kleeman et al., 2009; Valduga et al., 2010).
PRENATAL ARRAY UYGULAMALARI
VOUS: Unclear
2013
135 yayından sekizi metaanalize alındı.
a-CGH ile ek kromozom anomalisi (patojenik ve yüksek olasılıkla patojenikler )
Tüm endikasyon gruplarında: %3.6
Konjenital anomalilerde: %5.2
Henüz yapısal anomalilerin alt gruplarında sonuç vermek mümkün değil (Altı çalışmada kardiyak anomaliler (n=88), artmış NT-NIHF olguları (n=82) ve MSS anomalileri (n=60) ön planda)
Soft “marker” ları özellikle değerlendiren çalışma yok. Sadece Tyreman ve ark. ları “multiple soft markers” lı olguların
kapsandığını belirtiyorlar.
Endikasyon Toplam olgu Array-normal Array-patolojik Array-şüpheli USG’de anomali
2781 2462 (%88.5) 184 (%6.6) 135 (%4.9) USG’de marker
77 72 (93.5) 2 (%2.6) 3 (%3.9)
Pozitif I-II trim. TT
77 68 (%88.3) 4 (%5.2) 5 (%6.5)
Aile öyküsü
487 461 (%94.7) 15 (%3.1) 11 (%2.3)
İleri Anne Yaşı
346 337 (%97.4) 1 (%0.3) 8 (%2.3)
Psikolojik 95 94 (%98.9) 0 1 (%1.1)
Diğer/? 13 12 (%92.3) 1 (%7.7) 0
Toplam (canlı
fetuslar) 3876 3506 (%90.5) 207 (%5.3) 163 (%4.2)
Karyotipi “Normal” prenatal olgularda array sonuçları;
Schaffer LG, et al, 2012;Prenat Diagn, 32, 979-985
USG bulgusu toplam Array-normal Array-patolojik Array-şüpheli Çoklu sistem
anomalileri 579 492 (%85) 58 (%10) 29 (%5)
Çoklu sistem + yapısal olmayan anomaliler
229 196 (85.6) 19 (%8.3) 14 (%6.1)
Tek sistem
anomalileri 1519 1370 (%90.2) 81 (%5.3) 68 (%4.5)
Tek sistem + yapısal
olmayan anomaliler 254 220 (%86.6) 18(%7.1) 16 (%6.3)
İzole
poli/oligohidramnios 9 6 (%66.7) 1 (%11.1) 2 (%22.2)
İzole IUGG 76 74 (%97.4) 2(%2.6) 0
Tek marker 59 55 (%93.2) 2(%3.4) 2(%3.4)
Çoklu marker 18 17 (%94.4) 0 1(%5.6)
Toplam 2858 2534 (%88.7) 186 (%6.5) 138 (%4.8)
Schaffer LG, et al, 2012;Prenat Diagn, 32, 1-10
İzole ya da MKA bulgusu olarak en çok array-patolojik anomaliler: HPE (%10.6), posterior fossa an. (%14.6), iskelet (%10.7), VSD (%10.6), HLHS (%16.2), yarık dudak/damak (%10.3)
Wapner R, ISCA
(International Standarts for Cytogenomic Arrays)2012 Mikroarray Çalışma Sonuçları;
Anomaliler Kromozom n Array
tanıyabilir Array tanıyamaz
Anöploidiler
(tri 21,18,13,X,Y ve 45,X) 374 374 0
Diğer anomaliler 82 24 58 (%1.4)
Dengeli yapısal 40 0 40
Dengesiz yapısal 22 22 0
Marker kromozom
3 2 1
heterokromatin Triploidi
17 0 17
(7 si SNP array ile tanınabilirdi
4391 olgudan 51 olguda array sonuçsuz, başarı %98,8 4282 nonmozaik karyotip ve 58 mozaik karyotip
Wapner R, ISCA (International Standarts for Cytogenomic Arrays) 2012 Mikroarray Çalışma Sonuçları;
Normal karyotip saptanan prenatal olgu n:3822
1) Klinik anlamı kesin bilinmeyen CNVs n: 94 (%2.5) Rapor edilmeyen CNVs n: 33 (%0.9) Rapor edilen CNVs n: 61 (%1.6)
2) Patolojik CNVs n: 35 (%0.9)
Endikasyon gruplarına göre klinik ile ilişkili CNVs
İleri anne yaşı n: 1966 CNV n:34 %1.7 Pozitif Tarama Testi n:729 n:12 %1.6 Patolojik USG n:755 n:45 %6
Klinik ile ilişkili CNVs %2.5
Olgu 1: F.C.
Ultrason: CCA, serebellar hipoplazi
46,XX.arr 16p13.11p12.3 (16,590,942-18,357,897)x3mat Açıklama: 16p13p12.3 de 2 MB duplikasyon mat
GENLER: NOMO1,MPV17L, NDE1, MYH11,ABCC6, XYLT1 (bilinen bir sendrom , OD ekspresivite farklılığı)
Olgu 2: N.A.G.
Ultrason: Holoprozensefali, mikrosefali 46,XX.arr7q35q36.3(147,250,584-
158,816,094)x1,9p243p21,(31199,254-20,231,750)x3
Açıklama: 7q 36 (ter) 11 MB delesyon, 9p24.3p21.3 de 19 MB duplikasyon
GENLER: SHH , VLDLR, GLIS3
Olgu 3: Z.S.G
Ultrason: subaraknoid mesafede genişleme, polihidramniyos 46,XX .arr 9q34.3 (138,228,681-141,019,999)x1
Açıklama: 9q34.3 de 2 MB delesyon GENLER: EHMT1 Kleefstra Sendromu
Olgu 4: D.K.
Ultrason: serebellar hipoplazi , rocker bottom ayak, TR, TUA, NT:6,8
46,XX .arr5p15.33p15.2(0-
12.583.487)x1,12p13.33p12.3(200.506-17.293.665)x3
Açıklama: 5p15.33p15.2 de 12 Mb delesyon 12p13.3p12.3 de 17 Mb duplikasyon de novo
Genler: TOPLAM 293 GEN. (CTNND2, PTPRO, LTBR, ETV6, PEX5) Olgu 5: N.K.
Ultrason: Bilateral ventrikülomegali, Polihidroamniyos, NT:5,6 46,XY .arr 9q33.2q33.3(125,198,488-126,892,528)X1
Açıklama: 9q33.2q33.3 de 1,6 MB delesyon Genler: LHX2,RAPGAP1, GPR21, PDCL, ZBTB6
Olgu 6: M.P.
Ultrason: İUGR, Hİ, hiperekojen böbrek, duplikasyon kisti (?) 46,XX .arr 17q12 (34.755.539-36.282.823)x1
Açıklama: 17q12 de 1.5 Mb delesyon Genler: HNF1beta, LHX1,ACACA
Olgu 7: İ.S.
Ultrason: Septalı kistik higroma
46,XY .arr 9q31.3q33.1(112.538.662-119.864.517)x1 Açıklama: 9q31.3q33.1 de 7 Mb delesyon
Genler: 68 GEN (MUSK)
Olgu 8: A.K.
Ultrason: mikropenis?, ventrikülomegali, pelvikaliektazi + (KAH’lı çocuk öyküsü)
46,XY .arr1p36.33p36.22 (1,674,946-10,226,741)x1, 16p13.3 (1,256,613- 3,252,082)x3
Açıklama: 1p36.33p36.22 de 9 Mb delesyon ve 16p11.3 de 1,5 Mb duplikasyon
Genler: 1p36 mikrodelesyon sendromu (DVL1) Olgu 9: G.T.
Ultrason: skafosefali + fasiyal dismorfizm
46,XY .arr16p13.11p12.3 (15,283,028-18,378,269)x1mat (bilinen bir sendrom , OD ekspresivite farklılığı)
Açıklama: 16p13p12.3 de 1,5 Mb delesyon mat Genler: MPV17L, NDE1, MYH11, ABCC6, XYLT1
Dengeli yeniden düzenlenmeleri (translokasyon, inversiyon, insersiyon) gösteremez.
Düşük oranlı mozaisizmleri gösteremez. (Tüm mozaiklerin sıklığı CVSte %1.2, AS’de %0.2 )
%84’ü plasenta ile sınırlı olsa da kalan %16 gösterilemez.
Marker kromozomlar her zaman açıklanamaz.
(Sentromerik bölgelerde prob yoktur.) Prenatal olguların %0,1’inde marker kromozom saptanır.
Son olarak, delesyon ya da duplikasyonun parental bir taşıyıcılık ürünü olup olmadığı ancak parental
karyotipleme ile mümkündür.
Triploidilerin tanısı koyulamaz.
Tıbbi özgeçmiş ve aile ağacı alınmalıdır.
Testin amacı, avantajları ve sınırlılıkları anlatılmalıdır.
Testin olası sonuçları ve bu sonuçların bir
bölümünün (VOUS grubu) net olmayabileceği açıklanmalıdır.
de novo ya da kalıtılan VOUS grubu sonuçların yanısıra,
İleri yıllarda bulgu verebilecek bazı sağlık sorunları ile ilgili talep edilmeyen sonuçların karşımızı çıkabileceği
açıklanmalıdır.
Parental kan örnekleri prenatal örnekle birlikte
alınması önerilmektedir.
ACOG (2009; Obstet and Gynecol, 114:5,1161-1163)
SIGU çalışma grubu (2012;Ultrasound Obstet Gynecol, 39:384-388)
1) Konvensiyonel karyotipin yerini almaması gerektiği,
2) Tüm gebeliklerde genel tarama için değil seçilmiş gebeliklerde özel tanı amacıyla kullanılması gerektiğini,
3) Prenatal tanıda özel endikasyonlarda;
i) izole veya multiple USG anomalisi saptanan gebelikler
ii) karyotip analizinde dengeli bile görünse de novo yapısal kromozom anomalilerinde iii) marker kromozomların karakterizasyonunda tamamlayıcı ikinci bir test olarak
kullanılmasını önermektedir
4) “Hedefe yönelik array” testi öncesinde ve sonrasında verilecek danışmalarla, anne babalar a-CGH in tüm patolojileri yakalayamayabileceği ve a-CGH sonuçlarının yorumunun zor olabileceği konusunda bilgilendirilmeli
5) Array faydalı bir test olmakla birlikte, ilave çalışmalar (parental testler, konfirmasyonlar) gerekebilir ve maliyet artar
2.1 kb da bir prob 5.3 kb da bir prob 13 kb da bir prob 41 kb da bir prob) 1100 USD 910 USD 500 USD 350 USD
Tek ya da multipl konjenital anomalili fetuslarda
geleneksel kromozom analizinin normal sonuçlanması durumunda a-CGH analizi önerilmelidir.
Artmış NT grubunda (>3.5mm) geleneksel kromozom analizinin normal sonuçlanması durumunda a-CGH analizi önerilmelidir.
Fetusta geleneksel kromozom analizi ile dengeli yapısal yeniden düzenlemeler elde edildiğinde, a-CGH analizi önerilmelidir.
