T.C.
EGE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ
GÖĞÜS HASTALIKLARI ANABİLİM DALI
EGE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİNE BAŞVURAN
TÜBERKÜLOZ OLGULARININ MOLEKÜLER
EPİDEMİYOLOJİSİ
UZMANLIK TEZİ Dr. İmren NESİL
TEZ DANIŞMANI
Prof. Dr. Mustafa Hikmet ÖZHAN
II TEŞEKKÜR
Hekimlik mesleğinin öğrenilmesinde ara kademelerden biri olan asistanlık eğitiminin sonuna gelmiş bulunuyorum.
Göğüs hastalıkları eğitimim süresince bilgi ve tecrübelerini esirgemeyen, birlikte çalışmaktan onur duyduğum Ege Üniversitesi Göğüs Hastalıkları Anabilim Dalı Ailesinde yer alan değerli hocalarıma emeklerinden dolayı teşekkür ederim. Tez çalışması
sürecinde tüm yardımlarıyla ve hoşgörüsüyle hep yanımda olan danışman hocam Prof. Dr. Mustafa Hikmet ÖZHAN’a, emeklerinden dolayı, Prof. Dr. Cengiz ÇAVUŞOĞLU’na (Tıbbi Mikrobiyoloji A.D.), Prof. Dr. Timur KÖSE’ye (Biyoistatistik ve Tıbbi Bilişim A.D.) ve Uzm. Dr. Pervin KORKMAZ EKREN’e teşekkürlerimi sunarım.
Asistanlık süresinde birlikte çalıştığım tüm asistan arkadaşlarıma ve özellikle de tezim konusunda desteğini aldığım Dr. Ahmet UYSAL ve manevi desteği ile hep
yanımda olan Dr. Tanyeli Asena AYDIN’a teşekkür ederim.
Bugünlere gelmemi sağlayan ve eğitim hayatımın en büyük destekçisi olan canım babam merhum Ethem NESİL’e ve onun yokluğu ile birbirimize kenetlendiğimiz canım annem ve kardeşime teşekkür ederim. İyi ki varsınız.
Dr. İmren NESİL İzmir - 2017
III İÇİNDEKİLER ÖZET ... V ABSTRACT ... VII KISALTMALAR ... IX ŞEKİLLER LİSTESİ ... XI TABLOLAR LİSTESİ ... XI 1 . GİRİŞ ... 1 2. GENEL BİLGİLER ... 2 2.1 Tanımlar ... 2 2.1.1 Tüberküloz ... 2 2.1.2. Akciğer Tüberkülozu ... 2
2.1.3 Akciğer dışı tüberküloz (AD-TB) ... 2
2.1.4 Akciğer ve akciğer dışı tüberküloz ... 2
2.1.5 Yayma pozitif akciğer tüberkülozu ... 3
2.1.6 Yayma negatif akciğer tüberkülozu ... 3
2.1.7 Önceki tedavi öyküsüne göre olgu tanımları ... 3
2.2 TB Epidemiyolojisi ... 5
2.3 TB Patogenezi ... 5
2.3.1. Primer Tüberküloz ... 6
2.3.2 Hematojen Yayımlar ... 6
2.3.3 Reenfeksiyon Tüberkülozu (Bronkojen tüberküloz, Erişkin tipi tüberküloz) ... 6
2.4 TB Etiyolojisi ... 7
2.5 TB Risk Faktörleri ... 8
IV
2.6.1 Tipleme Metodları Fenotipik Yöntemler ... 10
2.6.2 Genotipleme ... 10
2.7 TB Tedavi ... 15
3. ÇALIŞMANIN AMACI ... 18
4. GEREÇ VE YÖNTEM ... 19
4.1 Hastalar ... 19
4.2 Çalışmaya Alınma Kriterleri ... 19
4.3 Çalışmadan Dışlanma Kriterleri ... 19
4.4 Mikrobiyolojik İnceleme ve Moleküler Analiz ... 19
5. İSTATİSTİKSEL ANALİZ ... 23 6. BULGULAR ... 23 7. TARTIŞMA ... 33 8. SONUÇ VE ÖNERİLER ... 39 9. KAYNAKLAR ... 40 10. EKLER ... 46
EK1: Bilgilendirilmiş gönüllü onam formu ... 46
V ÖZET
Giriş ve Amaç: Tüberküloz (TB), insanlık tarihi kadar eski bir hastalık olarak bilinir. Klinik olarak süreğen, granülomatöz nekrozitan bir hastalıktır. Pulmoner tüberküloza bağlı ölümlerin ve bulaşın azaltılmasında, tüberkülozun toplum içerisindeki hızlı yayılımını, bulaşta rol oynayan dinamikleri ve reenfeksiyon ile reaktivasyon arasındaki farkı gösteren epidemiyolojik özelliklerinin bilinmesi önemli rol oynar. Moleküler tekniklerin gelişmesiyle, M. tuberculosis suşlarının tiplendirilmesi, toplum içindeki enfeksiyonun orijini, yayılması ve direnç kazanmış olan suşların erken saptanması gibi önemli epidemiyolojik soruların yanıtını verebilir. Bu nedenle; Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji laboratuvarında akciğer ve akciğer dışı tüberküloz (AD-TB) tanısı konan hastaların materyallerinden moleküler teknik ile identifikasyonu, genotiplemesi ve antimikrobiyal ilaçlara direnç durumu da bakılmıştır. Aynı zamanda bu hastaların klinik, radyolojik ve biyokimyasal değerlendirmesi yapılarak aileler ile bu veriler arasında ilişki olup olmadığının bakılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji laboratuvarında 2009 - 2014 yılları arasında Akciğer TB ve ya AD-TB tanısı alan 402 hastanın laboratuvarda tanı için değerlendirmeleri yapılan örneklerden spoligotyping yöntemi ile moleküler tiplendirmeleri yapılmıştır. Bu hastaların retrospektif olarak dosya taramaları yapılmış ve demografik verileri, doğum yeri, bölgesi, tüberküloz izolasyon yılı, geçirilmiş tüberküloz öyküsü, eşlik eden hastalıklar, ilaç dirençleri, Tüberkülin Cilt Testi (TCT), temas öyküsü, İnterferon-gamma salınım testi sonucu (Quantiferon), klinik ve radyolojik bulguları, aldıkları tedavileri, biyokimyasal verileri, hastane yatışları ve mortalitesi taranmıştır.
Bulgular: Toplam 402 (238 erkek, ortalama yaş 52 ± 18.4) TB hastası çalışmaya alınmıştır. Hastaların 248 (%61.7)’i akciğer TB, 135 (%33.6) ‘i AD-TB, 19 (%4.7)’u hem Akciğer TB hem de AD-TB tanısı almıştır. Hastaların 203 (% 50.5)’ü Ege bölgesinden, 146( % 36.3)’sına ek hastalık eşlik etmekte ve 85 ( % 21.1)’inde immün yetmezlik durumu saptanmıştır.
VI
Laboratuvarda değerlendirilen örneklerde üretilen M.tuberculosis suşlarının moleküler tiplendirmeleri yapıldığında 52’sinin (%12.9) ailesi net belirlenemedi. Belirlenenlerin ise %40’ı T1, %8.2’si H3, %7’si LAM7-TUR, %5’i H1, % 4 ‘ü LAM3 - S (karma) ve % 4 U ailesinden oluşmaktaydı. Aileler arasında yaş dağılımı, radyolojik ve klinik bulgular, laboratuvar verileri bakımından anlamlı fark yoktu, gruplar benzer özellik göstermekteydi. Ancak; ilaç direnci açısından bakıldığında Beijing ailesinin % 55.6’sı rifampisin (R), izoniazid (H)(1 µg/ml) - H(0.2 µg/ml) ve streptomisin (S) dirençliydi ve bu oranlar diğer ailelerden anlamlı olarak daha yüksekti (p<0.001). Hastaların %71.6 ‘sı TB nedeni ile hastaneye yatmıştır ve 1 yıl içindeki mortalite oranı %17.9’dur. Aileler arasında hastane yatışı ve mortalite bakımından anlamlı fark bulunmamıştır.
Sonuç: M.tuberculosis suşlarının tiplendirilmesi, toplum içindeki enfeksiyonun orijini, yayılması ve direnç kazanmış olan suşların erken saptanması gibi önemli cevapları bize verebilir. Bu çalışmada en sık T1 ailesinin bölgemizde saptandığı ve Beijing ailesinin farklı şekilde yüksek direnç suşu içerdiği gösterilmiştir. Ancak bu ailelerin özellikleri ve klinik yansımalarına yönelik başka bölgelerde de çalışmalara ihtiyaç duyulduğu belirlenmiştir.
Anahtar Kelimeler: Tüberküloz, Moleküler epidemiyoloji, M.tuberculosis klinik izolatları
VII ABSTRACT
İntroduction and Purpose: Tuberculosis (TB) is known as an old disease with a history going back even to the origin of humanity. The clinical aspect is a chronic granulamatous disease. The epidemiological aspect of the disease plays a critical role in understanding the control of mortality and contamination, spread of the disease in community, dynamics of contamination and difference between infection and re-activation. Advance in the molecular diagnostic tools allows better typing of the TB, thus leads to discover origin of infection in community and early detection of resistant TB. In this study, we investigated with molecular techniques the identification, genotyping and drug resistance of TB bacilli in materials obtained from patients with pulmonary and extra-pulmonary TB in Ege University Hospital. The data were analyzed for correlation with biochemistry and clinical, radiological aspect of the disease.
Material - Method: The molecular typing was made with spoligotyping method from bacilli obtained from 402 patients with a diagnosis of pulmonary and extra-pulmonary TB in Ege University Hospital between 2009 and 2014. The demographic data was extracted retrospectively from files of the patients including clinical and radiological findings, origin of case, date of diagnosis, co-morbidity, treatment, drug-resistance pattern, biochemistry, tuberculin skin test, Interferon-gamma release test, length of hospital stay and mortality.
Results: The study was conducted on 402 patients (238 male, mean age 52 ± 18.4 years) with TB. Diagnosis of pulmonary Tb was present in 248 (%61.7), extra-pulmonray TB in 135 (%12.9) and 19 (%4.7) pulmonary and extra-pulmonary TB. The origin of the patients was Aegean area in 203 (%50.5) and co-morbidity was present in 146 (%36.3) and 85 (%21.1) with immunosuppression state.
In the molecular typing of Tuberculosis of 52 (%12.9) samples the family of bacilli was not identified. The most identified family was found as T1 in %40 followed by H3 in %8.2, LAM7-TUR in %7, H1 in %5, LAM3-S (complex) in %4 and U family in %4. No correlation was found between families in terms of age, radiological and clinical data
VIII
and laboratory findings. Drug resistance pattern is also investigated in families and drug resistance for Rifampicin (R), Isoniazid (H) (1 mg/ml) – H (0.2 mg/ml) and Streptomycin (S) resistance was found in %55.6 of Beijing family and was significantly higher when compared with other families (p<0.001). Hospitalization was present in %71.6 of patients and one year mortality was found as %17.6. No difference was found between families in terms of hospitalization and mortality rates.
Conclusion: Molecular typing of TB bacilli allows to better understanding of the origin, spread of infection in community and early detection of resistant bacilli. In this study, we found that in our community dominant bacilli was T1 family and resistant bacilli was found in higher percentage in Beijing family. More studies on clinical aspect of this families and families from other areas are needed to better understand the behavior of TB in our community.
IX KISALTMALAR AD-TB : Akciğer dışı tüberküloz
ARB : Aside rezistan bakteri BASP : Bronkoskopi aspirasyon BAL : Bronkoalveolar lavaj BOS : Beyin omurilik sıvısı CAS : Orta asya
ÇİD-TB : Çok ilaca dirençli tüberküloz DGT : Doğrudan gözetimli tedavi DR : Direct repeat
DSÖ : Dünya Sağlık Örgütü
E : Etambutol
EAI : Doğu Afrika Hindistan ETR : Exact tandem repeat
H : Haarlem
H : İzoniazid
Hb : Hemoglobin
IDSA : Infectious Diseases Society of America ISs : İnsertion sequences
İDT : İlaç duyarlılık testi LAM : Latin Amerika Akdeniz
M : Morfozinamid
MIRU : Mycobacterial Interspersed Repetetive Units MTC : Mycobacterium tuberculosis compleks MPTR : Major polymorphic tandem repeat
X PRZ : Pirazinamid
PCR : Polimeraz Zincir Reaksiyonu PFGE : Pulsed field gel electrophoresis
R : Rifampisin
RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism RR-TB : Rifampisine dirençli tüberküloz
S : Streptomisin
TB : Tüberküloz
TCT : Tüberkülin cilt testi
VNTR : Variable Number of Tandem Repeat XDR : Extreme Drug Resistant
XI
ŞEKİLLER LİSTESİ
Şekil 1 : İlk 10 ailenin sıralaması ... 27
TABLOLAR LİSTESİ Tablo 1 : Primer TB ile erişkin tipi TB'nin başlıca farkları ... 7
Tablo 2 : Standart tedavide TB ilaçlarının günlük dozları... 17
Tablo 3 : Yaymaların değerlendirme kriterleri ... 21
Tablo 4 : Hastaların başvuru anındaki demografik özellikleri, ek hastalıkları, bölgeleri, radyolojik ve laboratuvar bulguları ... 24
Tablo 5 : TB tanısı konan materyallerin yüzdeleri ... 25
Tablo 6 : TB hastalarının aldıkları tedaviler ... 25
Tablo-7 : Tiplendirmede belirlenen aileler ve yüzdeleri ... 26
Tablo-8 : Hastaların demografik özellikleri, ek hastalıkları, bölgeleri, radyolojik ve laboratuvar bulgularının ailelere göre dağılımı ... 28
Tablo-9 : Ailelerin izolasyon yıllarına göre dağılımı ve oranları... 29
Tablo-10 : Akciğerde tutulum yerlerinin ailelere göre dağılımı ... 30
Tablo-11 : İlaç direnç durumunun ailelere göre dağılımı ... 31
Tablo-12 : Hastane yatışı, süresi ve mortalite oranlarının gruplara göre dağılımı ... 32
1 1 . GİRİŞ
Tüberküloz (TB), insanlık tarihi kadar eski bir hastalık olarak bilinir. Klinik olarak süreğen, granülomatöz nekrozitan bir hastalıktır. Pulmoner tüberküloza bağlı ölümlerin ve bulaşın azaltılmasında, tüberkülozun toplum içerisindeki hızlı yayılımını, bulaşta rol oynayan dinamikleri ve reenfeksiyon ile reaktivasyon arasındaki farkı gösteren epidemiyolojik özelliklerinin bilinmesi önemli rol oynar (1).
Moleküler izlem çalışmaları, Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) içinde yer alan farklı tür ve genotiplerinin dünyada farklı coğrafi bölgelerde görülme sıklıkları ve bulaş yollarının tespitine, korunma ve kontrole yönelik stratejilerin geliştirilmesine ve mevcut kontrol programlarının başarısının ölçülmesine olanak sağlamaktadır (2; 3) MTC türlerinin moleküler düzeyde izleminde; DNA hibridizasyon yöntemi, IS6110-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), spoligotyping (Spacer oligonucleotide typing) ve 12-15-24 lokus MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetetive Units-Variable Number of Tandem Repeat) yöntemlerinin kombinasyonları kullanılmaktadır. Spoligotyping tüberküloz için en yaygın kullanılan epidemiyolojik yöntem olup, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) bazlı ters dot blot hibridizasyon esasına dayanmaktadır (4; 5).
Klinik laboratuvarlarda, moleküler epidemiyoloji, evrim ve popülasyon genetiği ile ilgili araştırmalarda kullanılır. MIRU-VNTR tiplendirme yöntemi ise, yüksek ayırım gücü, laboratuvarlar arası tekrarlanabilirliği ve uluslararası kabul görmüş standardizasyonu ile MTC klonlarının epidemiyolojik özelliklerinin tanımlanmasında kullanılan hızlı yöntemdir (6). M.tuberculosis genomunda büyüklükleri 50-100 baz çifti arasında değişen 41 farklı VNTR tanımlamış ve bunlara MIRU adı vermiştir. 15 lokuslu MIRU-VNTR yönteminin M.tuberculosis suşlarının izleminde referans yöntem olması önerilmektedir (2).
Bu çalışmanın amacı, 2009-2014 yılları arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji laboratuvarında akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısı konan hastaların tanısının konduğu materyallerden moleküler yöntemlerle identifikasyonu, genotiplemesi ve antimikrobial ilaçlara direnç durumunun değerlendirilmesi ve çıkan aile tiplerinin klinik, radyolojik ve biyokimyasal değerlendirmesini yapmaktır.
2 2. GENEL BİLGİLER
2.1 Tanımlar 2.1.1 Tüberküloz
Tüberküloz, MTC olarak tanımlanan bir grup mikobakteri tarafından oluşturulan, çok değişik klinik görünümlere sahip kronik, nekrozitan bir enfeksiyondur. Hastalığın oluşumundan %97-99 oranında Mycobacterium tuberculosis sorumludur (7). Basiller, çoğunlukla akciğerlerde hastalık oluşturmalarına rağmen lenf bezleri,kemikler, eklemler, beyin, böbrekler, sindirim sistemi, genital sistem, omurga gibi organ ve sistemleri de etkileyebilmektedir. Tüberküloz hastalığı, önlenebilen, tedavi edilip iyileştirilebilen, toplumsal açıdan önemli bir hastalıktır (8).
2.1.2. Akciğer Tüberkülozu
Akciğer parankimini tutan TB için kullanılır. Akciğer parankiminde tutulum yoksa, plevra effüzyonu ya da toraks içinde (hilusta, mediastende) lenf bezi büyümesi ile ortaya çıkan TB, akciğer dışı tüberküloz kabul edilir.
2.1.3 Akciğer dışı tüberküloz (AD-TB)
Akciğer parankimi dışındaki organlardan alınan örneklerde ARB gösterilebilen ya da tüberkülozla uyumlu histolojik ve klinik bulgusu olan hastalar bu gruba girmektedir (9).
2.1.4 Akciğer ve akciğer dışı tüberküloz
Akciğer TB ve AD-TB birlikte ise bu grup hastalarda her iki tutulumun da olduğu, akciğer dışı tutulan organ(lar) da sıralanarak belirtilir. Bu grup hastalar Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) ’ne akciğer TB olarak bildirilmektedir.
Miliyer TB, akciğer ve AD-TB birlikteliği olarak kabul edilir, kayıtta ayrıca “miliyer TB” olarak belirtilir. Larinks TB, akciğer tutulumu yoksa akciğer dışı TB kabul edilir. Plevra TB, AD-TB olarak kaydedilir. Plevra TB olan hastada balgam yayması
3
pozitif ise, akciğer ve AD-TB olarak kaydedilir, AD-TB bölümüne “plevra TB” eklenir. Mediastende, hilusta lenf bezi tüberkülozu olması, AD-TB olarak belirtilir (10).
2.1.5 Yayma pozitif akciğer tüberkülozu
En az iki balgam (açlık mide suyu, indüklenmiş balgam, bronkoskopik aspirasyon, bronkoalveolar lavaj, bronş lavajı da olabilir) örneğinde yayma ile aside rezistan bakterileri (ARB) gösterilen hastalardır.
Balgam (açlık mide suyu, indüklenmiş balgam, bronkoskopik aspirasyon, bronkoalveolar lavaj, bronş lavajı da olabilir) yaymasında bir kez ARB pozitif bulunan ve radyolojik bulguları akciğer tüberkülozu ile uyumlu olan ve bir hekim tarafından, tüberküloz tedavisi kararı verilen hastalardır.
Balgam (açlık mide suyu, indüklenmiş balgam, bronkoskopik aspirasyon, bronkoalveolar lavaj, bronş lavajı da olabilir) yaymasında bir kez ARB pozitif bulunan ve kültürü de pozitif gelen hastalardır.
2.1.6 Yayma negatif akciğer tüberkülozu
Balgam yaymaları negatif olan fakat kültürde üreme olan hastalar. Klinik ve radyolojik olarak tüberküloz ile uyumlu bulguları olan, üç balgam yayması negatif olan ve en az bir hafta geniş spektrumlu (kinolon içermeyen) antibiyotik kullanılmasına rağmen klinik yanıt alınamayan ve ayırıcı tanı olanakları olan bir hastanede tüberküloz tedavisine karar verilen hastalardır.
2.1.7 Önceki tedavi öyküsüne göre olgu tanımları
Yeni olgu: Daha önce tüberküloz tedavisi görmemiş ya da bir aydan daha az süre tedavi almış hastalardır.
4
Tedavi Görmüş Olgu: Daha önce en az bir ay tedavi görmüş tüberküloz hastalarıdır. Bu tanım, nüks, tedaviyi terkten dönen, tedavi başarısızlığından gelen ve kronik olguları içermektedir.
Nüks olgu: Daha önce tüberküloz tanısı konup tedavisini başarıyla tamamlamış olan hastada yeniden tüberküloz tanısı konulursa, yani balgamda basil pozitifliği saptanırsa nüks kabul edilir. Yaymasında ARB negatif ise ve klinik ve radyolojik bulguları ile tüberküloz düşünülüyorsa ayırıcı tanı olanakları olan bir üst merkeze gönderilir; burada bakteriyolojik olarak negatif olduğu halde, TB tanısı klinik ve radyolojik olarak konulabilir. Bir hastanın hastalığı, birden fazla kez nüks edebilir.
Tedaviyi terkten dönen olgu: Tedaviye iki ay ya da daha uzun süre ara verdikten (tedaviyi terk) sonra yeniden yayma pozitif olarak başvuran hastalardır (bazen yayma negatif olabilir fakat klinik ve radyolojik değerlendirme ile aktif TB kararı verilebilir; yayma negatif olan hasta bir üst merkeze sevk edilir).
Tedavi başarısızlığından gelen olgu: Yeni tanı konulmuş ve tedavinin başlangıcından beş ay ya da daha sonra alınan balgam örneklerinde yayma ya da kültür ile basil gösterilen hastalardır.
Kronik olgu: Nüks, tedaviyi terkten dönen ya da tedavi başarısızlığından gelen hastalarda uygulanan yeniden tedavi rejiminin sonunda hala basil pozitif olan hastalardır.
Nakil gelen olgu: Başka bir dispanserde (ya da yurt dışında) kayda alınıp tedavisi başlandıktan sonra, kayıtları ile birlikte devir alınan hastadır.
Hastanede ya da başka yerde tedavi gören ve hastaneden gelen hastalar da buradaki olgu tanımlarından birisine dahil edilir; başka bir adlandırma yapılmaz. Tedavi başlangıcındaki durumuna uyan olgu tanımı kullanılır.
5 2.2 TB Epidemiyolojisi
Tüberküloz dünyanın en ölümcül bulaşıcı hastalıklarından biri olmaya devam etmektedir. 2000-2015 yılları arasında dünya genelinde TB tedavisi alan 49 milyon hasta bildirilmiştir (11).
2015 yılında yaklaşık 10.4 milyon yeni olgu ve 1.4 milyon TB nedenli ölüm tespit edilmiştir. Bildirilen TB hastalarının % 55'inde HIV pozitifdir. Tahminen çok ilaca dirençli TB (ÇİD-TB) 480.000 yeni olgu ve ek olarak Rifampisine dirençli TB (RR-TB) olan 100.000 kişi bildirilmiştir (12).
Küresel Tüberküloz 2014 Raporunda, Türkiye’nin 2013 yılı insidans hızı yüz binde 20 olgu, prevalans hızı yüz binde 23 olgu ve TB mortalite hızı yüz binde 0.42 olgu olarak verilmiştir (13). Günümüzde ülkemiz ve dünyada TB hala ön planda ve mücadelesine devam edeceğimiz yaygın hastalıklar içerisindedir.
2.3 TB Patogenezi
TB, Mycobacterium tuberculosis'in vücuda girmesinden sonra çok uzun süre, hatta tüm yaşam boyunca devam eden bir enfeksiyondur. Basiller aktif akciğer tüberkülozlu hastalardan damlacık enfeksiyonu ile bulaşır. Havada süspansiyon halinde bulunan basiller inhale edilerek alveollere ulaşır ve alveoler makrofajlar tarafından fagosite edilir. Basili içeren fagozomla proteolitik enzimleri taşıyan lizozom hücre sitoplazmasında birleşerek fagolizozomu oluştururlar. Böylece basil öldürülmeye çalışılır. Bunu başarabilen bireylerde radyolojik olarak hastalık saptanamaz (14; 15).
TB patogenezinde etkili dört faktör vardır: 1. Virulans
2. Hipersensitivite 3. İmmunite (rezistans) 4. Granülomatöz reaksiyon
6 2.3.1. Primer Tüberküloz
Yüksek virulansa sahip basiller alveoler makrofajlar içinde üremeyi başararak akciğer parankiminde bir kazeöz pnömoni odağı oluştururlar. Parankimde herhangi bir lobda, tercihen daha iyi ventile eden subplöral bir alana yerleşen bu odak (Gohn odağı), lenfatik yolla hilus lenf bezine ulaşarak onu büyütür. Böylece parankim odağı, hiler lenfodenopati ve ikisi arasındaki lenfanjitten oluşan primer kompleks, Ranke kompleksi ortaya çıkar (16).
2.3.2 Hematojen Yayımlar
Hematojen yayımlarda klinik tablo kana karışan basil sayısı ve hastanın bağışıklık durumu ile ilişkilidir. Bağışıklığın düşük olduğu bir olguda çok sayıda basilin bir erime odağından damara dökülmesi akut TB septisemi adı verilen ender tabloyu ortaya çıkarır.
2.3.3 Reenfeksiyon Tüberkülozu (Bronkojen tüberküloz, Erişkin tipi tüberküloz) Reenfeksiyon tüberkülozunun çeşitli oluşum yolları vardır:
1. Primer kavite: Primer enfeksiyon sırasında Gohn odağının progresyon göstererek kaviteleşmesi ile oluşur.
2. Ekzojen reenfeksiyon: Daha önce basille enfekte kişinin basil yayan bir hastadan çıkan yeni, çok miktarda virulan basille enfekte olması İle gelişir.
3. Süper enfeksiyon: Aktif tüberkilozu bulunan bir olgunun yeni basillerle enfeksiyonu anlamına gelir. Bu son iki durum patolojik olarak kesin kanıta sahip değildir.
4. Endojen reenfeksiyon: En çok kabul gören bronkojen tüberküloz gelişim yolu endojen reenfeksiyondur.
7
Tablo-1: Primer TB ile erişkin tipi TB'nin başlıca farkları
Primer TB Reenfeksiyon TB
Görülme yaşı Çocukluk çağı Erişkin çağda
Yerleşim Herhangi bir lob,subplöral Apikal ve subapikal bölge
Yayım özelliği Lenfohemotojen Bronkojen
Hiler lenf bezi Büyür, kazeifikasyon var Büyümez/reaktif lenf bezi
Kaviteleşme Ender görülür Sık görülür
İyileşme Spontan/Kalsifikasyon Tedaviyle/Fibrozis
2.4 TB Etiyolojisi
Mycobacterium tuberculosis insan, Mycobacterium bovis sığır, Mycobacterium avium kanatlı ve Mycobacterium marinum akvaryum kökenli tüberkulozun başlıca etkenleridir. Diğer patojen mikobakteriler (M. leprae, M. paratuberculosis) yanında doğada saprofitik karakterde birçok mikobakteri vardır (17).
Tüberküloz etkenlerinin hücre duvarlarında diğer bakterilere göre çok daha fazla bulunan lipoidal maddeler bu bakterilerin normal laboratuvar boyaları ile boyanmamasına neden olur (18). Bu nedenle Ziehl-Neelsen boyama yöntemi ile boyanırlar. M.tuberculosis kısa sürede daha bol üreyerek, kuru, kabarık, üzeri girintili ve pembe oranj renkte koloniler oluşturur. M.avium 39-40 derecede daha iyi ve bol ürer. İnsan tipi (M. tuberculosis) niasin oluşturması yönünden (+) dir.
Tüberküloz etkenlerinin sıvı ortamda üretilmesi, pürifiye ve konsantre edilmesi sonucu hazırlanan tüberkülin enfekte bireyleri ortaya koymada önemli yararlar sağlar. Etkene ait proteinleri içeren tüberkülin (avian ve mamalian tüberkülin) Türkiye’de tüberkülozun alerjik tanısında kullanılmaktadır.
Tüberküloz etkenlerinin ekzotoksin ve endotoksinleri yoktur. Fiziksel ve kimyasal maddelere karşı oldukça dirençlidirler. Fenol (%2), formalin (%3) ve NaOH (%5) içinde 4 saatte ölebilirler. Balgam içinde 3 ay, merada, toprakta ve gübrede 2-6 ay canlı kalabilirler. Kurumaya karşı dayanıklıdırlar. Kurumuş insan balgamında aylarca
8
enfektif kalırlar. Pastörizasyon işlemi ile genellikle ölmelerine karşın 780 derecede 5-10 dakika dayanabilirler. Doğrudan güneş ışını veya ultraviyole ışınlarına dayanıksızdırlar (19).
2.5 TB Risk Faktörleri
Tüberküloz enfeksiyonunun tüberküloz hastalığına dönüşmesini artıran durumlar (8):
1. HIV enfeksiyonu olan kişiler 2. 5 yaş altındaki çocuklar
3. Bağışıklığı baskılayan tedavi alan kişiler [tümör nekroz faktör alfa (TNF-α) antagonistleri, bir aydan uzun süreyle günlük ≥15mg prednizolona eşdeğer sistemik kortikosteroid veya organ naklini izleyerek bağışıklığı baskılayıcı tedavi kullananlar] 4. Son 2 yıl içinde M.tuberculosis ile enfekte olan kişiler
5. Önceki aktif TB’u düşündüren fibrotik akciğer filmi bulguları olan kişiler
6. Silikoz, diabetes mellitus, kronik böbrek yetmezliği, lösemi, lenfoma ya da baş, boyun, akciğer kanseri olanlar
7. Gastrektomi ya da by-pass ameliyatı olanlar,
8. İdeal vücut ağırlığının %90’ından daha az kiloda olanlar 9. Sigara içenler, ilaç bağımlılığı olanlar ya da alkol kullananlar 10. Aktif tüberküloz insidansı yüksek topluluklar.
2.6 TB Klinik Yaklaşım Tanı Yöntemleri
Tüberkülozun tanısı bakteriyolojiktir. Tüberküloz kuşkulu hastalardan usulüne uygun ardışık üç balgam örneği alınır. Balgam çıkaramayan hastalarda indükte balgam ya da açlık mide suyu üçer kez alınır ve incelenir. Bu yolla da örnek alınamazsa bronkoskopik lavaj sıvısı bu amaçla kullanılabilir (20).
Örnekler öncelikle yayma ile incelenmelidir. Doğrudan bakı olanağı olan yerlerde, mikroskopik inceleme balgam direkt bakısı ile yapılmalıdır. Materyalin kalan kısmı kültür için ilgili bir laboratuvara gönderilmelidir. Her hastaya tedavi başlangıcında kültür ve ilaç duyarlılık testi (İDT) yapılması önerilir. Başlangıçta İDT yapılsın ya da
9
yapılmasın bir hastada 3. ay ve sonrasında yeniden kültürde üreme olursa, İDT’nin tekrar yapılması önerilir. Mikroskopi, kültür ve İDT, iç ve dış kalite kontrolü programında başarılı olan Sağlık Bakanlığı tarafından belirlenen laboratuvarlarca yapılır (8).
Klasik laboratuvar tanı yöntemlerinden mikroskopinin özgüllük ve duyarlılığının düşük olması, kültür yöntemlerinin ise uzun zaman alması nedeniyle moleküler yöntemler tüberküloz laboratuvarlarına çok hızlı bir şekilde girmiş ve farklı uygulama alanları bulmuştur. (21).
Moleküler yöntemlerin gelişmesiyle, M.tuberculosis’in filogenetik özellikleri ve yayılma dinamikleri daha iyi anlaşılabilir hale gelmiştir. Moleküler tipleme ile tüberkülozun rekürensi, sekonder enfeksiyonun reenfeksiyon veya reaktivasyon olup olmadığı ve bir hastada aynı anda iki veya daha fazla suş ile enfeksiyonun varlığı ortaya konulabilmektedir. Böylece tüberküloz kontrol ve tedavi protokollerinin etkinliği araştırılabilmektedir. Salgınların araştırılmasında ve laboratuvar içi çapraz bulaşın tanımlanmasında büyük yararlar elde edilmektedir (22). Bu yöntemlerle belirli bir coğrafik alan içindeki bulaşın analizi yapılabilmekte, immun sistemi tam veya yetersiz hastalardaki ekzojen kaynaklı süper enfeksiyonlar belirlenebilmektedir. Relaps gelişen hastalarda farklı suşlarla enfeksiyon olduğu, ayrı tip suş çiftlerinin gösterilmesiyle ortaya konulmaktadır. M.tuberculosis suşlarının tiplendirilmesi, bir toplum ya da aile içindeki enfeksiyonun orijini, yayılması ve direnç kazanmış olan suşların erken saptanması gibi önemli epidemiyolojik soruların yanıtını verebilir (23).
Bir tipleme yönteminden beklenen, suşa özel genetik profili ortaya koyabilmesidir. Bu profiller parmak izi (fingerprints) olarak adlandırılır. İki veya daha fazla suş aynı veya çok benzer profil oluşturuyor ise bunlar aynı grup (cluster) olarak adlandırılır. Farklı hastalardan izole edilen fakat aynı genetik profili gösteren izolatlar, büyük olasılıkla epidemiyolojik olarak ilişkilidir. Bu durum genellikle hastalar arasındaki yeni bulaşmayı yansıtmaktadır. Fakat bu yaklaşım her zaman doğru olmayıp, grup (cluster), mutlaka yeni bulaş olduğunu ispatlamaz. Transmisyonun gösterilmesi popülasyonun uygun örneklemesine, tüberkülozun insidansına, çalışma popülasyonunun özelliklerine (yaş, popülasyon mobilitesi, ikametin süresi gibi) bağlıdır.
10
Genetik olarak grup içinde tanımlanan hastaların yalnızca %25-42’sinde grup içindeki diğer bireylerle epidemiyolojik ilişki saptanmaktadır (24).
2.6.1 Tipleme Metodları Fenotipik Yöntemler
Tüberküloz basilleri genellikle benzer biyokimyasal özellik ve duyarlılık profili göstermektedir. Faj tiplendirmesi ise moleküler tekniklerden önce M.tuberculosis complex suşlarının ayırımında en fazla kullanılan metottur. Ancak, kullanımı kolay olmayan, uzun zaman alan tekniktir. Sınırlı sayıda mikobakterium fajının olması nedeniyle duyarlılığı düşüktür. Fakat salgın suşları ve laboratuvar içi çapraz bulaş sonucu oluşan suşların ayırımında faydalı bilgiler sağlamıştır. Serolojik yöntemler tanıda kullanılabilir, fakat farklı suşlar tarafından oluşturulmuş salgınların ayırımını yapamaz. Bu zorluklar, araştırmacıları tüberkülozun epidemiyolojisinde kolayca kullanılabilecek, hızlı ve güvenilir sonuçlar verebilen genotipleme yöntemlerini geliştirmeye yöneltmiştir (25).
2.6.2 Genotipleme
M.tuberculosis genomunun tamamının dizi analizi çıkarılmıştır. Genom yaklaşık 4.4 mega baz çiftinden oluşmaktadır. Yaklaşık 4000 proteini kodladığı hesaplanmaktadır ve oldukça yüksek oranda guanin-sitozin içermektedir. Genomda sınırlı sayıda sessiz nükleotid değişimleri görülmektedir. Ancak ilaç direncinde oldukça fazla sayıda mutasyonlar oluşmaktadır. Farklı transpozonlar aracılığı ile sıkça rekombinasyon görülmektedir. En basit transpozonlar insertion sequences (ISs) (yerleşim dizilimler)’dir. Genom üzerinde 14’den fazla farklı IS elementi saptanmıştır. IS elementlerinin, genetik polimorfizmin oluşumunu sağladıkları kabul edilmektedir. Bu nedenle farklı suşlar arasındaki ayrımda sıklıkla kullanılmaktadırlar. Epidemiyolojik çalışmalarda yaygın kullanılan IS, IS6110’dur (26).
Bakteriyel suşları mümkün olan en doğru biçimde tiplendirmek için kullanılabilecek en iyi yöntem, her bir suşa ait tüm genomun dizi analizini çıkarmaktır. Ancak bu yöntem zaman alıcı ve etkin değildir. Bu yüzden nükleik asit bazlı tekniklerin
11
kullanıldığı M.tuberclosis complex suşlarının ayrımı, kromozomal DNA üzerindeki belirli DNA dizilimlerinin sıklığına ve suşa özgü farklılıklarına bağlıdır (27).
Pulsed field gel electrophoresis (PFGE): Bakteri kromozomu, yüksek molekül ağırlıklı fragmentler oluşturan ve kesim alanları sınırlı olan restriksiyon endonükleaz (RE) enzimleriyle kesilmekte, özel koşullar altında, oluşan bantların ayrıştırılması yapılmaktadır. Bu yöntemin temel dezavantajı, sınırlı sayıda bant oluşması nedeniyle her zaman yeterli ayırım sağlayamayışıdır. Bu nedenle tüberkülozun epidemiyolojisi için uygun değildir (28).
Restriction fragment length polymorphism (RFLP): Genomik DNA’nın spesifik bir restriksiyon endonükleaz enzimiyle kesilmesi ve DNA segmentlerinin agarozda ayrıştırılmasıyla oluşturulan DNA profillerinin, RFLP analizine dayanır. Bu tip analizler teknik olarak mümkündür ve problarla hibridizasyon işlemini gerektirmez. Ancak, fazla sayıda bantlar kompleks pattern oluşturduğu için sonuçların yorumu zordur (29).
Hibridizasyonlu RFLP: DNA polimorfizmi, kesime uğratılmış nükleik asitlerin, genomik DNA veya özgül fragmentlerle hibridizasyonu ile gösterilebilir. Prob olarak total DNA kullanıldığında zeminde problem olmakta ve sonuçların yorumlanmasını etkilemektedir. Bu nedenle araştırmalarda genellikle M.tuberculosis’ den klonlanmış tekrarlayan DNA dizilimleri prob olarak kullanmaktadır (30).
Direct repeat (DR) bölgesine dayalı PCR metotları (direct variable repeat PCR): Yöntem, DR bölgesi içindeki IS6110’un dışa doğru amplifikasyonuna (outward amplification) dayanır. Oluşturulan suş spesifik amplifikasyon bantları, DR probu ile hibridizasyona sokulmaktadır. Sınırlı sayıda suş test edildiğinde iyi ayırım gücüne sahiptir. Fakat DR bölgesinin stabilitesi IS6110’unkinden daha yüksek olduğundan, IS6110-RFLP ile farklı bulunan suşlar, bunda aynı görülebilmektedir (31).
12
Spoligotyping (Spacer oligonucleotide typing): Bu yöntem, kromozomal DR lokusundaki polimorfizmi göstermeye dayanır. DR dizilimini hedef alan primerler kullanılarak DR’lerin arasındaki farklı ayırıcılar (spacers) amplifiye edilmektedir. Sonra, amplifikasyon ürünü, membrana bağlanmış olan ve DR’ler arasında lokalize olan farklı ayırıcı (spacer) bölgelere komplementer olan 43 farklı oligonükleotit probla hibridizasyona sokulmaktadır. Ayırcı dizilimlerin varlığı veya yokluğu dijital olarak gözlenmektedir. Benzer veya farklı olan suşlar kendilerinin spoligotipleme patternleri ile ayrılmaktadır. Ayırıcı (spacer) dizilimler suşlar arasında değişim göstermektedir ve hibridizasyon membranının sabitleşme yüzeyinde leke şeklinde görülmektedir (32).
Bu metod IS6110’nun arkasından, tüberkülozun epidemiyolojisinde en yaygın olarak kullanılan metottur. Basit, hızlı ve tekrarlanabilirliği oldukça yüksektir. Yüksek kopya sayılı suşlar analiz edildiğinde spoligotiplemenin ayırım gücü IS6110 tiplemeden daha düşüktür, fakat düşük kopyalı suşların değerlendirilmesinde üstündür. Ayırım gücü düşük veya orta seviyede olması nedeniyle, ikinci bir yöntem olarak kullanılmaktadır. M.tuberculosis ve M.bovis ayrımını yapabilmektedir (33).
Minisatellite-based methods: Değişik sayıda sıralı tekrarlar [variable numbers of tandem repeats (VNTRs)] içeren küçük uydulara (mini satellites) dayalı metotların, M.tuberculosis tiplemesi için efektif ve uygulanabilir oldukları gösterilmiştir. M.tuberculosis genomunda böyle 41 farklı değişebilen sıralı tekrarlar (variable tandem repeats) tanımlamış ve bunlara mycobacterial interspersed repetitive units (MIRUs) adı verilmiştir. Bu lokuslar PCR bazlı tipleme metodunun temelini oluşturur. İki tip sıralı tekrar (tandem repat) tanımlanmıştır: major polymorphic tandem repeat (MPTR) lokusları ve exact tandem repeat (ETR) lokusları. Sıralı tekrar lokuslarından elde edilen PCR ürünlerinin dizi analizi yapılarak, sıralı tekrarların sayısı ve bunların her iki yanında lokalize olmuş DNA segmentlerinin büyüklüğü belirlenmektedir (34).
Bu metod otomatize edilebilir, tekrarlanabilir, M.tuberculosis complex izolatları için duyarlı ve özgüldür. Tüberkülozun global epidemiyolojik sürveyansı için uygundur. Otomatik bir dizi analiz cihazı olan laboratuvarlar için metodu kurmak oldukça kolaydır. PCR bazlı yöntemler gibi aynı gün içerisinde sonuç verebilmektedir. Ancak altyapı gereksinimleri bu metodu büyük referans ve araştırma merkezleriyle sınırlı hale
13
getirmektedir. IS6110, RFLP ve spoligotyping ile kıyaslandığında, MIRU-VNTR tipleme daha fazla ayırıcı profil oluşturmaktadır.
Moleküler tipleme metotlarının uygulamaları iki önemli amaca hizmet eder: 1) Görülen salgının doğrulanması, yeni bulaşa özgü zincirinin belirlenmesini sağlar 2) Geniş toplumlardaki tüberküloz basillerinin transmisyon dinamiklerini analiz etmek
için popülasyon seviyesindeki M.tuberculosis tipleme verilerinin yorumlanmasına yol açar. Bu analiz, hastalığın patogenezinin anlaşılmasına yardımcı olmak ve yayılmayı önlemek için bireysel hastalara da uygulanabilir. Sekonder tüberkülozun ekzojen reenfeksiyon mu yoksa endojen reaktivasyon mu olduğunun belirlenmesinde kullanılabilir.
Bu moleküler yöntemlerden IS6110-RFLP, tüberkülozun uluslararası epidemiyolojisinin çalışılması için standart metot olarak kabul edilmektedir. Bu yöntemle üretilen bantların fazla sayıda olması agaroz jeldeki görüntünün yorumlanmasında zorluk oluşturduğundan, bunun bir primer tipleme tekniği olarak uygulamalarını sınırlamaktadır. Özel bir suşun veya organizma grubunun (örneğin Beijing suşu; 35-43 spoligotype spacers içeren M.tuberculosis izolatları) transmisyonunun çalışılacağı durumlarda, izolatlar MIRU-VNTR veya spoligotyping gibi amplifikasyon bazlı yöntemlerle taranabilir ve sonra IS6110- RFLP ile suşların aynı olup olmadıkları doğrulanır (23).
Tüm bu yöntemler kullanılarak M.tuberculosis için tanımlanmış 3 ana grup ve gruplar içerisinde yer alan subgruplar tespit edilmiştir (35).
Ana Grup I
Doğu Afrika-Hindistan (EAI) Alt Grubu: Güney Doğu Asya, Hindistan ve Doğu Afrika’da sık görülen bu alt tür ilk olarak Gine’de (1999) izole edilmiştir. Bu alt grupta çeşitli farklılıklarına göre; Hint-Okyanus suşları, Manila suşları ve Nonthaburi suşları gibi faklı coğrafi bölgelerde yoğunlaşmış mutant klonları bulunmaktadır.
14
Beijing Alt Grubu: Beijing ve Beijing - like suşları % 50 oranında Uzak Doğu Asya’dan ve eski Sovyetler birliğinden bildirilmiştir. Bu alt grubun ortaya çıkışı, izolatlar arasında Rifampisin direnci ile karakterize ÇİD’nin yaygın oluşu sebebi ile tüberküloz kontrol programlarında çok ciddi problemlere sebep olmuştur. İlk olarak 1995’de tanımlanmış olan bu ÇİD New York W suşu alt grubunun 1990’ların ilk yıllarında salgınlar yaptığı gösterilmiştir. Ancak bu alt grubun evrimleşme sürecini Cengiz Han zamanından önce tamamladığı ve bu dönemde Batı Asya ve Avrupa’ya yapılan seferlerle Asya coğrafyasının dışına taşındığı düşünülmektedir.
Orta Asya (CAS) - Delhi Alt Grubu: Hindistan, Pakistan, Sudan ve Sahra Altı Afrika’da epidemik olarak görülen bu alt grubun genomik özellikleri ile Beijing alt grubuna yakın olduğu ve bu alt grubun atası olabileceği söylenmiştir.
Ana Grup II ve III
Haarlem (H): İlk olarak 1999 yılında Hollanda’da tanımlanmıştır. Kuzey Avrupa ve Orta Afrika’da sık görülür. Bu alt türün suşlarının IS6110–RFLP analizinde 1,4 kb’lık çift bant görülmesi ve spoligotyping metodu sonucunda spacer 29–31 ve 33–36 bölgelerinin bulunmaması karakteristiktir.
Latin Amerika-Akdeniz (LAM): Ülkemiz dahil olmak üzere Akdeniz ve Latin Amerika ülkeleri ve Güney Afrika’da yaygındır. LAM 1-12 arasında isimlendirilen varyantları tespit edilmiş olup LAM7-TUR ülkemizde izole edilmiştir.
X Alt Grubu: Guadeloup ve Fransız Polonez adalarında izole edilmiştir. ABD ve İngiltere'de yaygındır. Ayrıca Güney Afrika, Hindistan’ dan da bildirilmiştir. X1-X3 olarak tanımlanan 3 alt dalı tespit edilmiştir.
T Alt Grubu: T familyası (modern TB suşu); tek spacer farklılığına bağlı olarak T1 den T5 e kadar 5 alt dala bölünmüştür. Spoligotyping ile 8 iç içe geçmiş dal açığa çıkarılmıştır.
15
T3; Etiyopya ve Danimarka’da, T5 ve T1 Rusya, eski Sovyetler Birliği, Kuzey ve Doğu Avrupa’da (Estonya, Finlandiya, Gürcistan, Polonya) görülmüştür.
MANU Alt Grubu: Manu alt dalı Hindistan’dan yeni bir ailedir. 3 genetik gruba ayrılmıştır, atasal klon genetik grup 1 dir. Manu 1’de spacer 34 delesyonu mevcuttur, Manu 2’de spacer 33–34 delesyonu Manu 3’de ise spacer 34–36 delesyonu mevcuttur. Hindistan’ın ve Asya'nın tüberküloz evrimsel tarihinde merkezi rolü çok belirgindir.
S Alt Grubu: S alt grubu Sicilya ve Sardunya’da belirgin olarak yüksek orandadır.
2.7 TB Tedavi
Tüberküloz tedavisinde en önemli faktör medikal tedavidir. Dinlenme, beslenme ve iklim gibi faktörlerin etkileri önemsizdir. Kür ya da tedavi başarısı sağlayacak bir ilaç kombinasyonuyla tedavi rejimi oluşturulmalıdır. Tedavinin başlangıcında basil sayısı en yüksek düzeyde olduğundan dirençli mutant suşların ortaya çıkma olasılığı en yüksektir (13).
Tüberküloz tedavisinin amacı:
Aktif olarak çoğalan basillerin hızla azaltılması
Hastalık şiddetinin azalması
Mortalitenin engellenmesi
Bulaştırıcılığın engellenmesi
Persistan basillerin ortadan kaldırılması
Relapsın önlenmesi
16
Ülkemizde her tüberküloz hastasında tedavi doğrudan gözetimli tedavi (DGT) şeklinde yapılmalıdır. DGT; hastanın anti-TB ilaçlarını içtiğinin doğrudan gözlendiği, birçok tüberküloz programının standart parçası olan bir yöntemdir.
IDSA (Infectious Diseases Society of America) 2016 rehberine göre DGT‘ nin öncelikli olduğu hasta grupları şu şekilde belirtilmiştir :
Balgam ARB (+) olanlar
Gecikmiş kültür konversiyonu (>2 ay) olguları Tedavi başarısızlığı olanlar
Nüks ve/ve ya ilaç direnci olan olgular Evsizler ve madde bağımlıları
İntermitant doz uygulaması HIV (+) olgular
Daha önce tedaviye uyumsuzluğu olan olgular Çocuk ve adolesan gençler
Mental, emosyonel ve fiziksel maluliyeti olanlar Sağlık bakım ünitesinde kalanlar
Daha önce aktif ya da latent TB tedavisi alan olgular
Akciğer ve akciğer dışı tüberküloz olguları aynı tedavi rejimleri ile tedavi edilir. Standart tedavide önerilen tedavi rejimi başlangıç döneminde 2 ay HRZE (İzoniazid-Rifampisin- Pirazinamid- Etambutol) , idame döneminde 4 ay HR verilmesidir. IDSA 2016 rehberine göre ilaç direnci bilinmeyen olgularda standart tedavi uygulanmalıdır (36). İzlemde H ve R duyarlılığı saptandı ise E kesilebilir. Eğer tedaviye başlamadan ilaç direnci sonuçları biliniyorsa ve H ve R duyarlı ise 2 ay HRZ - 4 ay HR verilmesi önerilmektedir.
Standart tedavide TB ilaçlarının dozları Tablo-2’de ayrıntılı bir şekilde verilmiştir. Tedavi süresi standart olarak 2 ay dörtlü, 4 ay ikili tedavi olarak verilmesidir. Ancak bazı özel durumlarda tedavi süresi değişebilir. IDSA 2016 rehberine göre; kaviter
17
akciğer TB olan ya da tedavinin 2. ayında alınan kültür sonuçları pozitif olan hastalarda idame HR tedavisinin 7 aya uzatılması önerilmektedir (37).
Ayrıca, ideal kiloda >%10 kayıp ve yaygın akciğer lezyonu olan, aktif sigara içicisi, DM, HIV (+) ve diğer immunsüpresif durumların eşlik ettiği hastalarda da idame HR tedavisi süresinin 7 aya uzatılması önerilmektedir.
Tablo-2: Standart tedavide TB ilaçlarının günlük dozları Erişkin dozu (mg/kg) Erişkin dozu (mg/kg) Maksimum doz (kg) H (İzoniazid) 5 (4-6) 10-15 300 R (Rifampisin) 10 (8-15) 10-15 600 Z (Pirazinamid) 25 (20-30) 15-30 2000 M (Morfozinamid) 40 25-45 3000 E (Etambutol) 20 (15-20) 15-20 1500 S (Streptomisin) 15 (12-18) 15-30 1000
Bazı uzmanlar ciddi maluliyet ve mortalite riski olduğu için menenjit tüberkülozun toplam 9-12 ay tedavi edilmesini; tedavi yanıtını değerlendirmedeki zorluklar nedeniyle kemik eklem tüberkülozunun toplam 9 ay tedavi edilmesini önermektedirler (13).
Tedavi başlangıcında hastalara, kullandıkları ilaçlarla ortaya çıkabilecek en sık yan etkiler anlatılmalıdır. Hastalar, hekim tarafından en az ayda bir görülmeli ve semptomları konusunda özel olarak görüşülmeli, yan etkiler açısından öyküleri alınmalı ve fizik muayeneleri yapılmalıdır; gerekiyorsa sorunu ile ilgili laboratuvar incelemeleri yapılmalıdır. En sık görülenler, bulantı kusma şeklinde gastrointestinal ve deride görülen yan etkilerdir. Daha az sıklıkla vestibüler etkiler ve hepatit görülmüştür. Yan etkiler genellikle tedavinin ilk üç ayında görülmektedir ve tedaviye ara vermeyi gerektirebilir. (38).
18 3. ÇALIŞMANIN AMACI
Tüberkülozun toplum içerisindeki yayılımı, endemileri ve epidemileri, reenfeksiyon ve reaktivasyon ayırımı moleküler bazlı epidemiyolojik yöntemlerle izlem altına alınabilmektedir. Son 10-20 yıl içinde moleküler epidemiyoloji konusunda yapılan çalışmalar, konvansiyonel epidemiyolojik yöntemlerle birlikte kullanıldığında, tüberküloz bulaş dinamiklerinin daha iyi anlaşılmasını sağlamıştır. Sürekli gelişen yöntemler, yerel ve küresel tüberküloz epidemiyolojisinin daha ayrıntılı ve kesin anlaşılmasını olanaklı hale getirmiştir. Bu nedenle; Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji laboratuvarında bakteriyolojik olarak Akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısı konan hastaların tanısının konduğu materyallerden aynı zamanda bu yöntemle identifikasyonu, genotiplemesi ve antimikrobial ilaçlara direnç durumu bakılmıştır. Bu çalışmada amaç; bölgemizde saptanan tüberküloz olgularındaki mikobakterilerin moleküler epidemiyolojisini belirlemek, moleküler epidemiyolojik özelliklerinin klinik, radyolojik bulgular, mortalite ve ilaç direnci patterni ile ilişkisini saptamaktır.
19 4. GEREÇ VE YÖNTEM
4.1 Hastalar
Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji laboratuvarında 2009- 2014 yıllarında mikrobiyolojik olarak TB veya AD-TB tanısı alan 402 hastanın örneklerinden (balgam, BASP, BAL, mini-BAL, plevra sıvısı, periton sıvısı, perikard sıvısı, BOS, kemik iliği, abse drenajı, idrar, biyopsi) spoligotyping yöntemi ile moleküler tiplendirmeleri yapılmıştır. Bu hastaların retrospektif olarak sistemden dosya taramaları yapılmış ve demografik verileri, doğum yeri, bölgesi, tüberküloz izolasyon yılı, geçirilmiş tüberküloz öyküsü, eşlik eden hastalıklar, ilaç dirençleri, TCT, temas öyküsü, Quantiferon testi, klinik ve radyolojik bulguları, aldıkları tedavileri, biyokimyasal verileri (lökosit, nötrofil, lenfosit, hemoglobin, CRP), hastane yatışları ve mortalitesi kaydedilmiştir.
4.2 Çalışmaya Alınma Kriterleri
1. Hastanemize başvurup akciğer veya akciğer dışı tüberküloz tanısı alıp örnekleri hastanemiz mikrobakteriyoloji laboratuvarında çalışılmış olması
2. 18 yaşından büyük olması
3. Bilgilendirilmiş gönüllü onam belgesinin alınmış olması
4.3 Çalışmadan Dışlanma Kriterleri 1. 18 yaşından küçük olması
2. Tüberküloz ön tanısı olan ancak moleküler ve mikobakteriyolojik yöntemlerle tanısının konamamış olması
3. Tüberküloz tanısının hastanemiz dışında bir merkezde konulmuş olması
4.4 Mikrobiyolojik İnceleme ve Moleküler Analiz
2009- 2014 yıllarında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji laboratuvarına hastanemizin çeşitli bölümlerinden TB ön tanısı ile gönderilen materyallere (balgam, BASP, BAL, mini-BAL, plevra sıvısı, periton sıvısı, perikard sıvısı, BOS, kemik iliği, abse
20
drenajı, idrar, biyopsi) öncelikle mutlaka altın standart olan direkt boyama ve kültür işlemi uygulanmaktadır.
Mikobakteriler hücre duvarlarındaki yoğun lipidlerin kazandırdığı hidrofobik özellik nedeniyle suda çözünen boyalarla zor boyanırlar. Mikobakterilerin boyanabilmesi için; boyanın suda kolay eriyen fenol gibi organik bir madde içinde eritilmesi gerekmektedir. Mikobakteriler hücre içine aldıkları boyayı asit-alkol çözeltisi ile bırakmadıkları için “aside dirençli bakteri (ARB)” olarak adlandırılır ve tüberkülozun erken tanısında, mikroskop ile örnekte ARB varlığının aranması, her düzey tanı laboratuvarında uygulanabilen bir yöntemdir. Bu nedenle, laboratuvarımıza ulaşan her örnekte mikroskopi ve standart kültür işlemi yapılması zorunlu haldedir ve moleküler inceleme isteği aksi taktirde gerçekleşememektedir.
Mikobakterilerin mikroskobik tanısında 2 farklı boyama yöntemi kullanılır:
Karbol fuksin yöntemleri o Erlich Ziehl-Neelsen (EZN) o Kinyoun
Florokrom (floresan) yöntemleri (Auramin O, auramin-rhodamin)
Çok sayıda hasta örneğinin incelendiği laboratuvarlarda florokrom boyama yöntemlerinin kullanılması önerildiği gibi bizim laboratuvarımızda da bu yöntemle boyanmaktadır. Aside dirençli basil aranması için yayma direkt veya işlenmiş örnekten hazırlanır ve hangi yöntem ile boyanacağı laboratuvarın günlük yayma sayısı, personel sayısı ve laboratuvar donanımı varlığına göre belirlendikten sonra Ulusal TB Tanı rehberinde belirtilen “Boya çözeltileri hazırlama” ve “Boyama” yönergeleri doğrultusunda boyanır.
Değerlendirmede bir preparata negatif diyebilmek için; ışık mikroskobu ile en az 300 alan, floresan mikroskop ile 250 büyütmede en az 30, 400 büyütmede en az 70 alan incelenmektedir. Yayma değerlendirmesi yarı kantitatif olarak Tablo-3'te tanımlandığı gibi yapılır. Yayma sonuçları mümkünse aynı gün, en geç 24 saat içinde ilgili birime bildirilmektedir ve florokrom yöntemleri ile saptanan pozitifliklerin EZN
21
boyama yöntemi ile doğrulandıktan sonra raporlanması yapılmaktadır. Preparatlar tamamen kuruduktan sonra saklama kaplarına alınır ve saklama kutuları içinde düzenli bir şekilde (tarih veya laboratuvar protokol numarasına göre) en az kültür sonucu çıkana kadar saklanmaktadır.
Tablo-3: Yaymaların değerlendirme kriterleri Görülen ARB sayısı Karbol fuksin
boyama X1000 Florokrom boyama X250 Florokrom boyama X400 Negatif 0 0 0
Şüpheli,tekrar 1-2/300 alan 1-2/30 alan 1-2/70 alan
1+ 1-9/100 alan 1-9/10 alan 2-18/50 alan
2+ 1-9/10 alan 1-9/1 alan 4-36/10 alan
3+ 1-9/1 alan 10-90/1 alan 4-36/1 alan
4+ >9/1 alan >90/1 alan >36/1 alan
TB kültürü için kan ve kemik iliği örnekleri hariç doğrudan klinik örnekten besi yerlerine ekim yapılmaz. Örnekler işlendikten sonra Ulusal TB Tanı rehberinde “Kültür ekimi ve inkübasyon yönergesi”ne göre ekimleri yapılır. Katı besi yerleri kontaminasyon ve üreme takibi açısından ilk hafta iki kez, sonra 8. haftaya dek en az haftada bir kez üreme açısından kontrol edilir. Sıvı besi yerlerinin haftada 2 kez bulanıklık, yüzeyde zar ve partikül oluşumu açısından görsel kontrolü ile üreme takip edilir. Ticari sistemlerde üretici firmanın önerileri doğrultusunda üreme takibi yapılır ve pozitif kültür sonuçları kültürde üremenin olması durumunda 24 saat içerisinde raporlanmaktadır.
Kültür sonucu pozitif olan örneklerin aynı zamanda moleküler tiplendirmeleri de yapılmıştır. Moleküler tiplendirme için Spoligotyping yöntemi ön planda kullanılmıştır. Tek tek tüm hastalarda üretilen MTC’nin aileleri ve ve bu ailenin hangi vatandaşlık numarasında olduğunun analizi yapılmış ve listelenmiştir.
22
Çalışma için Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma Etik Kurulu'ndan onay alınmıştır (Onay no: 16-12.1/5 ve onay tarihi: 06.01.2017). Bilgilendirilmiş gönüllü onam formu, hasta ve hasta yakını bilgilendirildikten sonra hasta veya birinci derece yakınları tarafından doldurulup imzalanmıştır. Çalışmaya alınan her hasta için; hastaneye yatış ve TB tanısı anında akciğer grafisi, bulguları, laboratuvar değerleri (lökosit, nötrofil, lenfosit, hemoglobin, CRP), demografik verileri, doğum yeri, bölgesi, tüberküloz izolasyon yılı, geçirilmiş tüberküloz öyküsü, eşlik eden hastalıklar, ilaç dirençleri, TCT veya Quantiferon testi, temas öyküsü, aldıkları tedaviler, hastane yatışları ve mortalitesi kaydedilmiştir.
23 5. İSTATİSTİKSEL ANALİZ
SPSS 20.0 programı verilerin analizi için kullanılmıştır. Kategorik ölçümler yüzde ve sayı olarak, sayısal değerler ise standart sapma ve ortalama olarak verilmiştir. Kategorik değerlerin iki grup arasında karşılaştırılması Ki Kare testi, bağımsız gruplar arasındaki sayısal değerlerin karşılaştırılması T-testi ile yapılmıştır. Sayısal değerlerin ikiden fazla grup arasında tek yönlü varyans analizi kullanılarak değerlendirilmiş ve tüm çalışmada istatistiksel olarak anlamlı p değeri 0.05’in altı olarak kabul edilmiştir.
6. BULGULAR
Çalışmamızda Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikobakteriyoloji Laboratuvarında 2009 -2014 yılları arasındaki örnekler değerlendirilip TB tanısı alan toplam 420 hasta kaydedilmiştir. Ancak 18 hasta, 18 yaş altı olması nedeni ile çalışma dışı bırakılmıştır ve çalışma toplam 402 hasta üzerinde yürütülmüştür.
Toplam 402 (238 erkek, ortalama yaş 52 ± 18.4) TB hastası alınmıştır. Hastaların 248 (%61.7)’inde Akciğer TB, 135 (%33.6) ‘inde AD-TB, 19 (%4.7)’unda her ikisi de vardır. Tablo-4'de ek hastalıkların dağılımı ve hastaların demografik verileri gösterilmiştir
24
Tablo-4: Hastaların başvuru anındaki demografik özellikleri, ek hastalıkları, bölgeleri, radyolojik ve laboratuvar bulguları
Yaş (yıl±SE) 52 ± 18.4 Cinsiyet (K/E) 238/164 Bölge n(%) Ege Akdeniz Marmara İç anadolu Karadeniz Doğu anadolu Güneydoğu anadolu Yurtdışı 203 (50,5) 17 (4.2) 41 (10.2) 30 (7.5) 21 (5.2) 51 (12.7) 18 (4.5) 20 (5) Ek hastalıklar n(%) Ek hastalık olmayan Malignite Diyabet
Kronik böbrek yetmezliği Diğer hastalıklar 256 (63.6) 45 (11.1) 41 (10.4) 16 (3.9) 49 (12.1) İmmünyetmezlik durumu n(%) Var Yok 85 (21.1) 315 (78.4) Daha önce geçirilmiş TB n(%)
Var Yok Bilinmeyen 20 (5.0) 364 (90.5) 18 (4.5) TB organ tutulumu n(%) Akciğer Lenf bezi Plevra Kemik – eklem Diğer organlar 267 (66.4) 56 (13.9) 32 (7.9) 12 (2.9) 56 (13.9) Akciğer grafi bulguları n(%)
Kaviter lezyon varlığı Multilober tutulum Plevral sıvı varlığı
89 (22.1) 107 (26.6)
59 (14.7)
Tanı Lökosit (ort; min-max) 7560/mm3 (440 - 26680/mm3)
25
Tanı konan materyallerin özelliği incelendiğinde, Akciğer TB tanısı alan 154 (%38.3) hastada sadece balgamda, 82 (%20.4) hastada da sadece BASP örneğinde kültür pozitifdir. AD-TB tanısı alanlarda da 69 (%17.2) hastanın sadece biyopsi örneğinde, 23 (%5.7) hastanın da sadece plevral sıvı örneğinde kültür pozitifdir. (Tablo-5)
Tablo-5: TB tanısı konan materyallerin yüzdeleri
TANI KONAN MATERYEL n (%)
Balgam 154 (%38.3) BASP 82 (%20.4) Biyopsi 69 (%17.2) Plevral sıvı 23 (%5.7) Periton sıvısı 10(%2.5) BOS 8 (%2)
TB tanılı hastaların 30 (%7.5) ‘un da başvuru anında hemoptizi eşlik etmekteydi. Hastaların 27 tanesinin BCG aşı durumu bilinmekte ve 22 (%5.5)’sinin aşısı vardı. Tanı alan hastaların tetkik edildikleri aşamada 26’sına IGRA bakılmış ve 18 tanesine TCT yapıldığı dosyalarında belirtilmiş. Hastaların aldıkları tedaviler Tablo-6’da gösterilmiştir.
Tablo-6: TB hastalarının aldıkları tedaviler
Tedavi n (%) H+R+E+P 343 (%85.3) H+R+E+M 21 (%5.2) H+R+S+M 3 (%0.7) H+R+P+S 2 (%0.5) H+E+P+S 1 (%0.2)
26
Laboratuvarda değerlendirilen örneklerde üretilen M. tuberculosis suşlarının moleküler tiplendirmeleri yapıldığında 52’sinin (%12.9) ailesi net belirlenememiştir. Toplamda 22 aile belirlenmiştir. Saptanan tüm ailelerin isimleri ve sayıları Tablo-7’ de gösterilmiştir.
Tablo-7: Tiplendirmede belirlenen aileler ve yüzdeleri
Aile Adı n (%) T1 161 (40) T2 15 (3.7) T1-T2 2 (0.5) T3 5 (1.2) T4 2 (0.5) H1 20 (5) H2 4 (1) H3 33 (8.2) H4 10 (2.5) U 16 (4) S 11 (2.7) LAM3 1 (0.2) LAM3 - S (karma) 16 (4) LAM7 – TUR 28 (7) T2-S 2 (0.5) LAM9 6 (1.5) Beijing 9 (2.2) CAS 1 (0.2) CAS1 – DELHI 3 (0.7) X1 2 (0.5) T5 - RUS1 1 (0.2) T1-RUS2 2 (0.5)
27
En sık saptanan ilk beş aile sırası ile, %40’ı T1 (%63.9 ST53), %8.2’si H3 (%69.6 ST50), %7’si LAM7 – TUR (%96.4 ST41), %5’i H1 (%85 ST47), % 4 ‘ü LAM3 - S (karma) (hepsi ST4) ve % 4 U (%31.2 ST602)’dur. İlk on aile ve oranları da Şekil-1’de gösterilmiştir. Ailelerin kendi içinde farklı ST numarası gösteren alt tipleri saptanmıştır ancak birbirleri ile karşılaştırma yapacak sayıda olmadığından istatistiksel olarak değerlendirme yapılamamıştır.
Şekil-1: İlk 10 ailenin sıralaması
Tüm aileler ve sayıları değerlendirdiğinde, istatistiksel olarak demografik özellikleri, ek hastalıkları, bölgeleri, radyolojik ve laboratuvar bulgularının değerlendirilebilecek sayılarda olmaması nedeni ile sadece ilk 10 grup değerlendirmeye alınmıştır. (Tablo-8)
Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikobakteriyoloji laboratuvarında 2009 - 2014 yılları arasında olan örnekler değerlendirilmiştir. Aile sınıflamasının yıllara göre dağılımı incelendiğinde, 79’u 2009, 77’si 2010, 69’u 2011, 60’ı 2012, 54’ü 2013 ve 63’ü de 2014 yılında olan örneklerden yapılmıştır. Ailelere göre izolasyon yıllarının dağılımı Tablo-9‘da verilmiştir. Ailelere göre izolasyon yıllarının dağılımları incelendiğinde istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır. (p=0.3)
161 33 28 20 16 16 15 11 10 9 0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 T1 H3 LAM7 - TUR H1 U LAM3 - S (karma) T2 S H4 Beijing
28
29
Hastaların yaş, bölge, AD-TB tutulan organ, multilober tutulum ve Hb (g/dL) değerleri gruplara göre dağılımı bakıldığında heterojen bir dağılım söz konusudur ve farklılıklar vardır. (p=0.02, p=0.04, p=0.03, p=0.05, p=0.04). Bunun üzerine bu parametreler için ikili gruplar halinde tek tek ilk 10 aile değerlendirilmiştir. Sadece Hb için T1 ailesi ile LAM7-TUR ailesi arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p=0.042). Diğer gruplar arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır.
Tablo-9: Ailelerin izolasyon yıllarına göre dağılımı ve oranları
Aile İzolasyon Yılı, n(%)
2009 2010 2011 2012 2013 2014 T1 39 (24.2) 35(21.1) 21 (13) 21 (13) 18 (11.2) 28 (17.4) H3 4 (12.1) 7 (21.2) 10 (30.3) 4 (12.1) 2 (6.1) 6 (18.2) LAM7-TUR 9 (32.1) 5 (17.9) 6 (21.4) 3 (10.7) 4 (14.3) 1 (3.6) H1 3 (15) 3 (15) 2 (10) 4 (20) 2 (10) 6 (30) U 1 (6,3) 3 (18.8) 3 (18.8) 3 (18.8) 4 (25) 2 (12.5) LAM3-S(karma) 1 (6.3) 4 (25) 4 (25) 4 (25) 0 (0) 3 (18.8) T2 4 (26.7) 0 (0) 3 (20) 6 (40) 1 (6.7) 1 (6.7) S 2 (18.2) 1 (9.1) 1 (9.1) 3 (27.3) 2 (18.2) 2 (18.2) H4 2 (20) 2 (20) 1 (10) 1 (10) 1 (10) 3 (30) Beijing 1 (11.1) 2 (22.2) 2 (22.2) 0 (0) 3 (33.3) 1 (11.1)
30
Hastaların 89’unda (%22.1) akciğer grafisinde kaviter lezyon, 107’sinde (%26.1) multilober tutulum, 159’unda (%39.6) tek lob tutulum saptanmıştır. Elli dokuz hastada (%14.7) akciğer grafisinde plevral sıvı mevcuttur (Tablo-4). Otuz üç hastanın plevral sıvı ADA düzeyi çalışılmış ve ortanca 80.1 (8.6 – 204.4) olarak bulunmuştur. Atipik ve tipik yerleşim açısından aileler arası anlamlı fark bulunmamıştır. Ancak T1 ailesinde Akciğer TB olgularının 45’i (%28) tipik yerleşim göstermekte iken; LAM7-TUR ailesinin 13’ü (%46.4) tipik yerleşimlidir. Beijing ailesinde de 6 olgu (%66.7) atipik yerleşimlidir. Tek lob tutulumu olanların akciğerde tutulum yerleri ile aileler arasındaki dağılıma bakıldığında anlamlı bir ilişki bulunmamıştır (p= 0.6). (Tablo-10)
Tablo-10: Akciğerde tutulum yerlerinin ailelere göre dağılımı
Aile Tutulum yeri, n(%) Sağ üst lob Sağ orta lob Sağ alt lob Sol üst lob Lingula Sol alt lob Milier T1 33 (33) 4 (4) 3 (3) 12 (12) 0 (0) 3 (3) 8 (8) H3 13 (50) 1 (3.8) 2 (7.7) 2 (7.7) 1 (3.8) 0 (0) 0 (0) LAM7-TUR 5 (26.3) 0 (0) 2 (10.5) 8 (42.1) 0 (0) 0 (0) 1 (5.3) H1 3 (25) 0 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0) 1 (8.3) 3 (25) U 2 (16.7) 0 (0) 1 (8.3) 2 (16.7) 0 (0) 0 (0) 1 (8.3) LAM3-S(karma) 3 (30) 1 (10) 0 (0) 0 (0) 0 (0) 1 (10) 0 (0) T2 5 (55.6) 0 (0) 1 (11.1) 0 (0) 1 (11.1) 1 (11.1) 1 (11.1) S 1 (16.7) 0 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0) 2 (33.3) H4 2 (28,6) 0 (0) 1 (14.3) 2 (28.6) 0 (0) 1 (14.3) 1 (14.3) Beijing 3 (42.9) 0 (0) 0 (0) 0 (0) 1 (14.3) 0 (0) 1 (14.3)
31
Çalışmaya dahil edilen hastaların 387’si tüberküloz tedavisi almıştır (4 hastanın tedavi alıp almadığı öğrenilemedi, 11 hasta da tanı netleşene kadar kaybedilmiş ve tedavi alamamıştır). İlaç dirençlerine bakıldığında da 10’unda (%2.5) R direnci, 41’inde (%10.2) H (0.2µg/ml) direnci, 20’sinde (%5) H (1 µg/ml) direnci, 25’inde (%6.2) E direnci bulunmuştur. İlaç dirençlerinin ailelere göre dağılımı Tablo-11’de gösterilmiştir. Beijing ailesinin % 55.6’sı R, H (0.2 µg/ml) - (1 µg/ml) ve S dirençliydi ve bu oranlar diğer ailelerden anlamlı olarak daha yüksektir (p<0.001).
Tablo-11: İlaç direnç durumunun ailelere göre dağılımı
Aile İlaç Direnci, n(%) R H (0.2µg/ml) H (1 µg/ml) S E T1 1 (0.7) 7 (4.8) 2 (1.3) 7 (4.6) 3 (2.3) H3 1 (3.1) 5 (15.6) 2 (6.3) 5 (15.6) 2 (7.7) LAM7-TUR 1 (3.6) 9 (32.1) 4 (14.3) 2 (7.1) 0 (0) H1 0 (0) 1 (8.3) 0 (0) 1 (5) 0 (0) U 0 (0) 3 (27.3) 2 (20) 0 (0) 1 (8.3) LAM3-S (karma) 0 (0) 2 (12.5) 2 (12.5) 1 (6.3) 1 (6.7) T2 0 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0) S 1 (9.1) 1 (9.1) 1 (9.1) 1 (9.1) 0 (0) H4 0 (0) 1 (16.7) 0 (0) 1 (10) 0 (0) Beijing 5 (55.6)* 5 (55.6)* 5 (55.6)* 5 (55.6)* 1 (14.3) *p=<0.001
32
Hastaların 288 (%71.6)‘i TB nedeni ile hastaneye yatırılmıştır ve 49 hasta yatışı süresi içinde kaybedilmiştir. Bir yıllık mortalite oranı ise %17.9’dur. Hastane yatışı ve yatış süreleri ile mortalite oranlarının aileler arasındaki dağılımı Tablo-12’de gösterilmiştir. Aileler arasında hastane yatışı ve mortalite bakımından anlamlı fark bulunmadı.
Tablo-12: Hastane yatışı, süresi ve mortalite oranlarının gruplara göre dağılımı
Aile Hastane yatışı
n(%) Yatış süresi Hastane mortalitesi, n(%) 1 yıl içinde mortalite, n(%) T1 119 (73.9) 19.8 ± 14.4 21 (13) 31 (19.4) H3 22 (66.7) 21.5 ± 19.7 4 (12.1) 5 (15.2) LAM7-TUR 17 (60.7) 22.3 ± 22.5 3 (10.7) 4 (14.3) H1 15 (75) 17.4 ± 9.9 3 (15) 5 (25) U 13 (81.3) 20.8 ± 29.3 2 (12.5) 2 (12.5) LAM3-S (karma) 12(75) 10 ± 6.5 1 (6.3) 2 (12.5) T2 11 (73.3) 18.4 ± 13.4 2 (13.3) 3 (20) S 13 (81.3) 19.3 ± 17 1 (9.1) 1 (9.1) H4 6 (60) 21.6 ± 14.4 1 (10) 1 (10) Beijing 6 (66.7) 14.8 ± 9.9 0 (0) 3 (33.3)
