4. ARAġTIRMA BULGULARI
4.5 Moleküler Veriler
4.5.3 Moleküler veri analizleri
4.5.3.3 Verbascum gypsicola türüne ait veri analizleri
114
115
km‟sinde 34 olarak hesaplanmıĢtır. Frekans değeri %5 ve daha üst seviyelerde olan bant sayıları YeĢilköy popülasyonunda 170, Solta boğazı popülasyonunda 174, Kösebükü popülasyonunda 176 ve Beypazarı-Nallıhan 15. km‟si popülasyonunda 192 olarak hesaplanmıĢtır. Popülasyon seviyesinde beklenen heterozigotluk değerleri YeĢilköy popülasyonunda He=0,130 iken Solta boğazı popülasyonunda He=0,129, Kösebükü popülasyonunda 0,128 ve Beypazarı-Nallıhan 15. km‟si popülasyonunda He=0,136 olarak belirlenmiĢtir. Yansız beklenen heterozigotluk değerleri ise YeĢilköy ve Solta boğazı popülasyonlarında uHe=0,132 iken Kösebükü popülasyonunda uHe=0,130 ve Beypazarı-Nallıhan 15. km‟si popülasyonunda uHe=0,139 olarak hesaplanmıĢtır (Çizelge 4.46).
Çizelge 4.45 V. gypsicola türüne ait genetik çeĢitlilik analizi
Popülasyon N Na ± S Ne ± S H ± S I ± S PLS PLY (%)
YeĢilköy 23 1,5862
±0,4932
1,2061
±0,3032
0,1296
±0,1672
0,2076
±0,2409
221 58,62 Solta baoğazı 24 1,6286
±0,4838
1,2029
±0,2929
0,1295
±0,1633
0,2099
±0,2351
237 62,86
Kösebükü 24 1,5597
±0,4971
1,2035
±0,3032
0,1277
±0,1671
0,2041 0,2413
211 55,97
Beypazarı-Nallıhan 15. Km 24 1,6684
±0,4714
1,2115
±0,2919
0,1362
±0,1620
0,2219
±0,2326
252 66,84
Ortalama 1,6107
±0,4863
1,2060
±0,2978
0,1307
±0,1649
0,2108
±0,2374
230, 25
61,07
Tür 95 1,9947
±0,0727
1,2306
±0,3016
0,1482
±0,1627
0,2459
±0,2247
375 99,47
N: Örnek sayısı, Na: Gözlenen allel sayısı, Ne: Etkili allel sayısı, H: Nei‟nin gen çeĢitliliği (1973), I:
Shannon bilgi indeksi, PLS: Polimorfik lokus sayısı, PLY: Polimorfik lokus yüzdesi, S: Standart sapma
Çizelge 4.46 V. gypsicola popülasyonlarının bant desenleri
Popülasyon YeĢilköy Solta boğazı Kösebükü Beypazarı-Nallıhan 15.km
Bant sayısı 232 245 221 264
Frekansı ≥%5 olan bant sayısı
170 174 176 192
Özgül bant sayısı 28 31 14 34
He±S 0,130
±0,009
0,129
±0,008
0,128
±0,009
0,136
±0,008
uHe±S 0,132
±0,009
0,132
±0,009
0,130
±0,009
0,139
±0,009
S: Standart sapma He: Beklenen Heterozigotluk uHe: Yansız Beklenen Heterozigotluk
116
POPGENE 1.32 programı ile hesaplanan V. gypsicola türünün sahip olduğu tüm lokuslar üzerindeki toplam genetik çeĢitlilik HT, popülasyon içindeki genetik çeĢitlilik HS, popülasyonlar arası genetik çeĢitlilik GST ve popülasyonlar arasındaki gen akıĢı NM
değerleri sırasıyla HT=0,1483, HS=0,1307, GST=0,1184 ve NM=3,7229 olarak beirlenmiĢtir (Çizelge 4.47 ).
Çizelge 4.47 Lokuslar üzerinden Nei‟nin (1987) gen çeĢitliliği
Lokus N HT HS GST NM
Ortalama 95 0,1483 0,1307 0,1184 3,7229
Standart sapma 0,0265 0,0197
N: Örnek sayısı, NM: Populasyonlar arasındaki gen akıĢı (NM=0,5(1-GST)/GST), GST: Populasyonlar arasındaki genetik farklılaĢma (1- HS/ HT) HT: Toplam genetik çeĢitlilik, HS: Populasyonlar içindeki ortalama genetik çeĢitlilik
GenAlEx 6.5 programı ile hesaplanan V. gypsicola türüne ait Moleküler varyans analizleri (AMOVA) sonucu popülasyon içi varyasyon %81 iken, popülasyonlar arası varyasyon %8 olarak hesaplanmıĢtır. YeĢilköy popülasyonunun bulunduğu Sivrihisar- birinci bölge olarak değerlendirilirken, ikinci bölge olarak ise Solta boğazı, Kösebükü ve Beypazarı-Nallıhan 15. km‟si popülasyonlarının bulunduğu Beypazarı-Nallıhan belirlenmiĢtir. Sivrihisar ve Beypazarı-Nallıhan bölgeleri arasındaki varyasyon %11 olarak tespit edilmiĢtir (ġekil 4.39). Bölgeler arasındaki genetik farklılaĢma (ΦRT), popülasyonlar arasındaki genetik farklılaĢma (ΦPR) ve bölgeler ve popülasyonlar arasındaki toplam genetik farklılaĢma (ΦPT) değerleri sırasıyla ΦRT=0,106, ΦPR=0,093, ve ΦPT=0,189 olarak hesaplanmıĢtır. 999 tekrara dayanan permütasyon sayısı ile gerek popülasyon içindeki gerekse popülasyonlar arasındaki varyasyon değeri (P˂0,001) ile anlamlı bulunmuĢtur (Çizelge 4.48).
117
Çizelge 4.48 V.gypsicola türüne ait moleküler varyans analizi Varyasyon
kaynağı
df SS MS V VY Φ
istatistiği p değeri Bölgeler arasında 1 242,147 242,147 3,992 %11 ΦRT 0,106 0,001 Popülasyonlar
arasında
2 210,694 105,347 3,122 %8 ΦPR 0,093 0,001 Popülasyon
içinde
91 2768,969 30,428 30,428 %81 ΦPT 0,189 0,001
Toplam 94 3221,811 37,542 %100
df: Serbestlik derecesi, SS: Kareler toplamı MS: Kareler ortalaması V: Varyans VY: Varyans Yüzdesi, ΦRT: bölgeler arasındaki genetik farklılaĢma, ΦPR: popülasyonlar arasındaki genetik farklılaĢma, ΦPT: bölgeler ve popülasyonlar arasındaki toplam genetik farklılaĢma, P: anlamlılık değeri
ġekil 4.39 V. gypsicola türüne ait moleküler varyans analiz grafiği
POPGENE 1.32 programı aracılığıyla yansız genetik uzaklık ve genetik benzerlik parametreleri kullanılarak popülasyonlar arasındaki genetik korelasyon belirlenmiĢtir (Nei 1978). YeĢilköy popülasyonun diğer popülasyonlara olan uzaklığı ortalama 89 km olup, bu popülasyonun diğer popülasyonlara olan genetik uzaklığı sırasıyla, YeĢilköy ile Solta boğaz 0,0344, YeĢilköy ile Kösebükü 0,0252 ve YeĢilköy ile Beypazarı-Nallıhan 15.km„si 0,0405 olarak hesaplanmıĢtır. Solta boğazı ile Kösebükü popülasyonları arasında 6,3 km coğrafik mesafe olmakla birlikte, iki popülasyon arasındaki genetik uzaklık 0,0123 olarak hesaplanmıĢtır. Solta boğazı ile Beypazarı-Nallıhan 15. km‟si popülasyonları arasındaki genetik uzaklık 0,0184 iken coğrafik uzaklık 5,1 km‟dir.
Kösebükü ile Beypazarı-Nallıhan 15. km‟si popülasyonları arasında 1,4 km‟lik mesafe
Bölgeler arası
%11 Popülasyonlar arası
%8
Popülasyonlar içi
%81
AMOVA
118
ile en düĢük coğrafik uzaklığa sahip iken, bu iki popülasyon arasındaki genetik uzaklık ise 0,0139 olarak hesaplanmıĢtır (Çizelge 4.49).
Çizelge 4.49 Yansız genetik uzaklık (Nei 1978) ve coğrafik uzaklık değerleri
Popülasyon YeĢilköy Solta boğazı Kösebükü Beypazarı- Nallıhan 15.km
YeĢilköy 0
Solta boğazı 0,0344 (89,8 km) 0
Kösebükü 0,0252 (88,2 km) 0,0123 (6,3 km) 0
Beypazarı-Nallıhan15.km
0,0405 (87,3 km) 0,0184 (5,1 km) 0,0139 (1,4 km) 0
YeĢilköy popülasyonu ile Solta boğazı popülasyonu arasındaki genetik benzerlik 0,9662 olarak hesaplanırken, YeĢilköy ile Kösebükü popülasyonları arasındaki genetik benzerlik 0,9751 ve YeĢilköy ile Beypazarı-Nallıhan 15. km‟si popülasyonları arasındaki genetik benzelik 0,9603 olarak hesaplanmıĢtır. Solta boğazı popülasyonu ile Kösebükü popülasyonu arasındaki genetik benzerlik 0,9878 olarak hesaplanırken, Solta boğazı ile Beypazarı-Nallıhan 15. km‟si popülasyonları arasındaki genetik benzerlik 0,9818 olarak hesaplanmıĢtır. Kösebükü ve Beypazarı-Nallıhan 15. km‟si popülasyonları arasındaki genetik mesafe ise 0,9862 olarak hesaplanmıĢtır (Çizelge 4.50).
Çizelge 4.50 Yansız genetik benzerlik değerleri (Nei 1978)
Popülasyon YeĢilköy Solta boğazı Kösebükü Beypazarı- Nallıhan 15.km
YeĢilköy 1
Solta boğazı 0,9662 1
Kösebükü 0,9751 0,9878 1
Beypazarı-Nallıhan 15.km
0,9603 0,9818 0,9862 1
Popülasyonlar arasındaki genetik uzaklık ile coğrafik mesafe iliĢkisini belirlemek amacıyla GenAlEx 6.5 programı kullanılarak Mantel test uygulanmıĢtır. Genetik uzaklık ile coğrafik uzaklık arasında (Rxy=0,459) orta seviyede pozitif korelasyon
119
olmakla birlikte, (P˂0,001) istatistiksel olarak anlamlı korelasyon görülmektedir (Çizelge 4.51).
Çizelge 4.51 V. gypsicola Mantel test sonuçları
X Matrix GGD (Coğrafik uzaklık)
Y Matrix GD (Genetik uzaklık)
Örnek sayısı 95
Permütasyon tekrarı 999
SSx 7687584,350
SSy 417661,459
SPxy 822160,763
Rxy (r) 0,459
P(rxy-rand >= rxy-data) 0,001
SSx: x matrisi için kareler toplamı, SSy: y matrisi için kareler toplamı, SPxy: (x X )(y Y ) Rxy:
𝑆𝑃𝑥𝑦/√𝑆𝑆𝑥. 𝑆𝑆
ġekil 4.40 V. gypsicola Mantel test grafiği
POPGENE 1.32 programı ile Nei‟nin (1978) genetik uzaklığı doğrultusunda hazırlanan populasyon düzeyinde UPGMA dendrogramına göre Solta boğazı ve Kösebükü popülasyonları ile bu popülasyonlara bağlanan Beypazarı-Nallıhan 15. km‟si popülasyonu birinci ana grubu oluĢtururken YeĢilköy popülasyonu ise ikinci ana gubu oluĢturmuĢtur (ġekil 4.41).
y = 0,1069x + 64,87 R² = 0,2105
0,000 20,000 40,000 60,000 80,000 100,000 120,000
0,000 20,000 40,000 60,000 80,000 100,000
GD
GGD
GGD vs GD
Y
Doğrusal (Y)
120
ġekil 4.41 V. gypsicola popülasyonlarının UPGMA dendrogramı
GenAlEx 6.5 programı ile popülasyon seviyesinde Nei‟nin (1978) genetik uzaklık matrisine dayandırılarak oluĢturulan Temel Koordinat Analizi (PCoA) sonucunda ilk iki ana bileĢenin toplam varyasyonun sırasıyla %62,08 ve %25,24‟ini açıkladığını göstermektedir. Solta boğazı, Kösebükü ve Beypazarı-Nallıhan 15. km‟si popülasyonları YeĢilköy populasyonundan ayrı konumlanmıĢtır (ġekil 4.42).
ġekil 4.42 V. gypsicola popülasyonlarının Temel Koordinat Analizi (PCoA) grafiği
V. gypsicola türüne ait bireyler arasındaki genetik iliĢki, Jaccard‟ın (1908) benzerlik katsayısı üzerinden SYN-TAX 2000 programı kullanıarak UPGMA kümeleme analizi
yeşilköy
solta bogazı
kösebükü beypazarı-
nallıhan arası
Koordinat 2
Koordinat 1
Temel Koordinat Analizi (PCoA)
Seri 1
121
ile incelenmiĢtir. UPGMA dendrogramında (ġekil 4.54) ve PCoA analizinde (ġekil 4.55) yer alan 1-23 nolu bireyler YeĢilköy popülasyonuna, 24-47 nolu bireyler Solta boğazı popülasyonuna, 48-71 nolu bireyler Kösebükü popülasyonuna ve 72-95 nolu bireyler Beypazarı-Nallıhan 15. km‟sinde bulunan popülasyona aittir. UPGMA dendrogramında Beypazarı-Nallıhan 15. km‟sinde bulunan popülasyona ait 93 ve 95 nolu bireyler 92 nolu bireyle birleĢtikten sonra iki ana kümeye ve bunlarla birlikte Kösebükü popülasyonuna ait olan 58 nolu bireye ayrılmaktadır. Ġki ana kümeye bakıldığında birinci ana kümeyi YeĢilköy popülasyonuna ait bireylerin oluĢturduğu, ikinci ana kümeyi ise Solta boğazı, Kösebükü ve Beypzarı-Nallıhan 15. km‟si popülasyonlarının oluĢturduğu görülmektedir. Ġkinci ana kümeye ait genotiplerin birbirleri içerisinde karmaĢık yapıda kümelenmeler oluĢturduğu görülmektedir. Ġkinci ana kümenin dağılımı incelendiğinde, öncelikle oluĢan 3 alt kümeye bakıldığında birinci kümeyi Beypazarı-Nallıhan 15. km‟si popülasyonuna ait sırasıyla 79, 80, 81, 84, 85, 87-91 arası bireyler ve 94 nolu birey oluĢtururken ikinci kümeyi 75, 83 ve 86 nolu bireylerin oluĢturduğu görülmektedir. Üçüncü alt küme ise kendi içerisinde iki alt gruba ayrılmıĢ olup, ilk grubu Solta boğazı popülasyonuna ait 37-47 arası bireyler oluĢtururken ikinci grup ise kendi içerisinde kümelenme oluĢturmuĢtur. Bunlarda ilki 34 ve 65 nolu bireylerden oluĢan bir dallanma gösterirken diğer grup ise kendi içerisinde iki büyük kümeye ayrılmıĢtır. Birinci küme Solta boğazı popülasyonuna ait 24-33 arası bireyler, 35 ve 36 nolu bireyler ile Kösebükü popülasyonuna ait 57, 60, 63, 64 ve 69 nolu bireylerden oluĢmaktadır. Ġkinci küme ise Kösebükü ve Beypazarı-Nallıhan 15.
km‟si popülasyonlarına ait bireylerden oluĢmaktadır (ġekil 4.43).
GenAlEx 6.5 programı kullanılarak uzaklık matrisi aracılığıyla bireyler arasındaki iliĢkiyi detaylandırabilmek için PCoA analiz uygulaması yapılmıĢtır. Temel koordinat analiz sonucunda ilk iki ana bileĢenin toplam varyasyonun sırasıyla %13,78 ve
%7,24‟ünü açıkladığını göstermektedir. PCoA analiz sonuçlarında Solta boğazı, Kösebükü ve Beypazarı-Nallıhan 15. km popülasyonları bir eksende toplanırken YeĢilköy popülasyonu ise ikinci eksende bulunmaktadır (ġekil 4.44).
122
ġekil 4.43 V. gypsicola bireyleri arasındaki genetik uzaklığa dayalı UPGMA dendrogramı
123
ġekil 4.44 V. gypsicola bireyleri arasındaki genetik uzaklığa dayalı PCoA analizi
1
2 3 4
5 6
7 8 9
10 11
12
13 14 15
16 17 18
19
20 21
22
23
24 25 26 27 28
29 30
31 33 32 34 36 35
37
38
39 40
41 42
43 45 44
46 47
48
49 50
51 52 53
54
55 56 57
58 59
60 61
62 63
64 65 66
67 69 68
70 71
72 73
74
75 76
77 78 79
80 81 82 83
84
85 86 87
88
89 90
91 92
93 94 95
KOORDINAT 2
KOORDINAT 1
Temel Koordinat Analizi (PCoA)
yeşilköy solta bogazı kösebükü beypazarı- nallıhan arası
124