O filme começa com uma guerra no espaço, nas proximidades e órbita do planeta Coruscant. O Chanceler Palpatine havia sido recentemente seqüestrado pelo General Dróide Grievous, um andróide de combate que lidera o exército dos dróides na Guerra dos Clones despertada no episódio II. Dois caças Jedi, um com Anakin Skywalker e outro com General Obi-Wan Kenobi, voam dentro da guerra em direção à nave de Griveous com a missão de resgatar o Chanceler. Anakin aponta para Obi-Wan a localidade da nave de Griveous.
Um soldado aliado de escolta pede ajuda por terem naves atirando nele por trás. Anakin se consulta com Obi-Wan, planejando resgatar o soldado em apuros, mas Obi-Wan o adverte que não deveriam desviar da missão, que o soldado está fazendo seu trabalho e que eles deveriam fazer o deles. Anakin consente e o soldado é explodido por uma nave. Outra nave inimiga lança mísseis sobre os dois Jedi, que fogem dos mesmos. Anakin consegue escapar do míssil que o perseguia, no entanto Obi-Wan é atingido por um outro. O míssil espalha vários robôs que começam a destruir a nave de Obi-Wan. Anakin se propõe a salvá-lo, mas Obi-Wan lhe diz que a missão é salvar o Chanceler e que Anakin deve cumpri-la, deixando-o para trás. Anakin se recusa e salva seu mestre dos pequenos dróides. Os dois então invadem a nave de Griveous, destróem alguns dróides e, graças a R2D2, localizam a posição do Chanceler. R2 projeta um holograma da nave indicando a posição do Chanceler. Obi-Wan comenta que o mesmo está no topo da torre de observação do gigante cruzador que era a nave de Griveous. Anakin diz olhando em sua volta: “Eu sinto o Conde Dookan”. Obi-
Wan: “Eu pressinto uma armadilha.” Anakin: “Qual o próximo passo?”. Obi-Wan sorrindo: “Cair na armadilha”. Anakin comanda que R2 fique com a nave e Obi- Wan lhe dá um comunicador dizendo-lhe para aguardar instruções. Os Jedi correm até o elevador mediante combates com Dróides e sobem até o topo da torre de observação.
Eles chegam até o local e vêem apenas o Chanceler nos fundos, algemado num trono de observação. Se aproximam do Chanceler com cautela. Obi-Wan o saúda formalmente enquanto Anakin pergunta se o mesmo estava bem. Palpatine olhando para o elevador diz: “Conde Dookan”. Os dois Jedis se viram e vêem Dookam e dois dróides chegando do elevador. Obi-Wan diz para Anakin: “Desta vez, vamos lutar juntos.” Anakin responde: “Eu ia dizer a mesma coisa”. Eles aguardam Dookan que se aproximava. Palpatine diz: “Peçam ajuda. Não são páreo para ele. É um Lorde Sith”. Obi-Wan: “Chanceler Palpatine, Lordes Sith são nossa especialidade”. Dookan: “Seus sabres, por favor. Não vamos criar confusão diante do Chanceler”. Obi-Wan: “Desta vez não vai escapar, Dookan”. Os três começam a lutar com suas espadas lasers. Dookan: “Tenho aguardado ansioso por isso”. Anakin: “Meus poderes duplicaram desde o último encontro”. Dookan: “Ótimo. Quanto maior o orgulho, maior a queda”. Palpatine observa admirando a luta. Obi-Wan é jogado para trás e destrói os dois dróides de Dookan. Dookam levita Obi-Wan e o lança fortemente contra a parede, deixando-o inconsciente. Anakin procede sozinho à luta e eles travam suas espadas. Dookan: “Sinto um grande medo em você, Skywalker. Você tem raiva, sente ódio... mas não usa isso em seu favor”. Anakin em uma manobra sorrateira, amputa as duas mãos de Dookan, o deixando de joelhos e tomando as duas espadas em suas mãos e as cruzando no pescoço de Dookan. Palpatine rindo entusiasmado: “Muito bem, Anakin, isso mesmo! Mate-o. Mate-o agora”. Anakin fica em conflito: “Não posso”. Palpatine: “Mate!”. Anakin corta a cabeça de Dookan e mostra feições de incerteza. Palpatine: “Você fez bem, Anakin. Ele era perigoso demais para continuar vivo”. Anakin: “Era um prisioneiro desarmado. Eu não devia ter feito isso. Não é atitude de um Jedi”. Palpatine: “É algo natural. Ele decepou seu braço e você quis vingança. Não foi a primeira vez, Anakin. Lembra o que me contou
sobre sua mãe e o Povo da Areia? Temos que ir embora antes que cheguem mais dróides”. Palpatine caminha enquanto Anakin corre até Obi-Wan. Palpatine diz: “Anakin, não há mais tempo. Temos que sair antes que seja tarde”. Anakin: “Ele parece estar bem”. Palpatine: “Esqueça”. Anakin: “O destino dele será igual ao nosso”. Anakin leva Obi-Wan em suas costas e foge levando o Chanceler. Obi- Wan recobra sua consciência e Anakin ordena que R2 venha até ele. Griveous, que os localizou, ativa escudos de força que os impedem de locomoverem-se. R2 chega para desativar os escudos de força, mas junto com ele chega um pelotão de soldados dróides, que os rendem levando todos até a cabine de pilotagem da nave, onde estava General Grievous. Os Jedi lutam contra Grievous, mas ele acaba escapando e fugindo. Anakin consegue pousar a nave e todos são levados ao Senado para deixarem o Chanceler Palpatine. Obi-Wan vai para o templo Jedi e Anakin fica no Senado para acompanhar o desfecho. Padmé se encontrava escondida atrás de um pilar esperando por Anakin. Ele vai até ela e diz querer contar a todos que são casados. Padmé assustada discorda. Ela conta que está grávida. Anakin fica empolgado com a notícia, dizendo ser o dia mais feliz de sua vida e que eles não deviam se preocupar com nada por enquanto.
General Grievous foge e contacta Lorde Sidious, que lhe ordena que leve os líderes separatistas a um determinado planeta, dizendo que planeja ter um novo aprendiz e que a guerra está próxima do fim. Anakin e Padmé vão dormir. Anakin acorda assustado no meio da noite, pois sonhara que Padmé morria durante o parto. Ele conta seu sonho à Padmé, dizendo: “Não vou deixar que este vire realidade”.
Anakin vai conversar com Yoda sobre seu sonho. Depois, Anakin se encontra com Obi-Wan, que fala que Chanceler Palpatine solicitou a presença de Anakin. Obi-Wan adverte Anakin para ter cuidado com Palpatine e diz estar se sentindo apreensivo.
Anakin vai até Palpatine, que o elege como seu representante pessoal no Conselho Jedi.
Anakin vai até o Conselho informar a nomeação a ele concedida. O Conselho aceita a nomeação mas não lhe concede o nível de Mestre, o que deixa Anakin muito nervoso.
Anakin e Obi-Wan saem do Conselho. Anakin diz estar revoltado pois considera uma insulta não terem lhe concedido o grau de Mestre Jedi. É decidido no conselho que Yoda iria para o planeta dos Wookies que estava sendo invadido pelos dróides. A sessão do Conselho é encerrada. Obi-Wan passa para Anakin a missão de espionar Palpatine e reportar os passos do mesmo para o Conselho. Anakin não concorda, tampouco aceita bem a missão.
Obi-Wan e Windu acompanham Yoda para ser transportado para a nave do exército clone que iria para o planeta dos Wookies, eles conversam sobre Anakin e ficam preocupados a respeito da profecia.
Anakin, junto a Padmé, questiona a ordem Jedi, enquanto Padmé questiona a guerra e a república. Padmé abraça Anakin dizendo-lhe para abraçá-la como em Naboo quando só o amor deles importava e nada mais.
Anakin vai até um concerto onde Palpatine o chamou, e Palpatine lhe conta sobre a localização do General Grievous. Palpatine pede para ele sentar-se e comanda que seus outros acompanhantes os deixem a sós. Palpatine conversa com Anakin sobre semelhanças entre os Jedi e os Sith, e conta uma lenda Sith de um mestre tão poderoso que conseguia impedir que os outros com quem se importava morressem. Anakin mostra-se muito interessado nesse poder.
Anakin vai à reunião do conselho Jedi contar a localização do General Grievous. Yoda, a distancia, diz que deveriam agir rápido e Anakin conta que o Chanceler lhe pediu para que ele liderasse a campanha, mas todos discordam e nomeiam Obi-Wan, por ser um mestre e por ter mais experiência, Anakin consente silenciando-se e mostrando-se frustrado.
Anakin acompanha Obi-Wan até sua decolagem, ele diz para Obi-Wan que o mesmo precisará da ajuda dele nessa missão. Obi-Wan concorda mas diz que a informação pode estar errada tornando a perseguição inútil. Anakin ao se despedir diz: “Mestre... eu desapontei o senhor. Não tenho sido muito dedicado ao seu treinamento. Tenho sido arrogante e peço desculpas. Tenho tido grandes
frustrações com o Conselho”. Obi-Wan: “Você é forte e sábio, Anakin. Estou muito orgulhoso de você. Treinei você desde que era um menino. Ensinei tudo que sei. Você se tornou um Jedi muito melhor do que eu esperava. Mas seja paciente, Anakin. Em breve o Conselho vai fazer de você um Mestre Jedi”. Eles se despedem, e apesar de a conversa com Obi-Wan ter melhorado o humor de Anakin, logo quando Obi-Wan se foi, seu humor voltou a ficar como antes.
Anakin teve outro sonho com a morte de Padmé, no qual Obi-Wan a ajudava. Anakin conversa com Padmé e diz que se sente perdido. Padmé o questiona e ele responde: “Obi-Wan e o Conselho não confiam em mim. Alguma coisa está acontecendo. Não sou o Jedi que deveria ser. Eu quero mais. E sei que não deveria”. Padmé o acalma dizendo que ele espera muito de si mesmo. Anakin continua: “Achei um meio de salvar você. Dos meus pesadelos. Não quero perder você, Padmé”. Padmé: “Não vou morrer no parto. Eu prometo”. Anakin: “Não, eu é que prometo”.
Mestre Windu, após receber a confirmação de que Obi-Wan estava em combate com Grievous, pede que Anakin encaminhe essa mensagem ao Chanceler. Anakin vai, enquanto Windu conversa com Yoda dizendo que sente um complô para destruir os Jedi. Anakin vai até o Chanceler passar a informação. Anakin confessa sua insatisfação com o Conselho. Palpatine consola Anakin, engrandecendo-o e voltando-o contra os Jedi e confessando ser um Sith. Anakin o desafia e diz que irá entregá-lo para o Conselho. Anakin conta para Windu sobre a revelação e Windu sem se consultar com ninguém junta alguns Jedi e vai atrás de Palpatine impedindo Anakin de ir junto. Contrariado, Anakin fica aguardando Windu voltar, pensando no que Sidiuos lhe falou, até que decide ir até lá, contrariando Windu. Quando ele chega, Windu e Sidious já estavam em combate: Windu estava com vantagem. Sidious pede ajuda a Anakin e Windu diz que ele deve ser destruído. Anakin fica contestando Windu. Quando Windu vai dar o golpe fatal em Sidious, Anakin interfere cortando a mão de Windu e Sidious então arremessa Windu pela janela com seus raios, matando-o. Anakin fica assustado com o que fez, mas aceita ter passado para o lado negro da força, e torna-se discípulo de Sidious que o nomeia Darth Vader. Palpatine, agora revelado Darth
Sidious, ordena que Anakin vá ao Templo Jedi, matar todos os Jedi e depois ao planeta Mustafar para matar os lideres separatistas, terminado assim a guerra. Anakin cumpre a ordem, enquanto Sidious ordena que as unidades clone destruam todos os Jedi, o que acontece de maneira desapercebida pelos Jedi, surpreendidos e mortos pelo próprio exército clone. Yoda e Obi-Wan são os únicos que conseguem escapar.
Senador Organa vai até o Templo Jedi, que estava em chamas, para entender o que estava acontecendo. Ao tomar conhecimento da situação, Organa retira-se, contactando Yoda e Obi-Wan para irem à sua nave.
Anakin vai até Padmé para acalmá-la e diz que os Jedi tentaram tomar o poder da República e que ele permaneceria fiel ao Chanceler. Diz que vai à Mustafar acabar com a guerra, pedindo que ela o espere.
Senador Organa é convocado para uma sessão especial no Senado, Yoda e Obi-Wan voltam ao Templo Jedi. Lá, destróem os clones e descobrem que Anakin estava por trás de tudo.
Enquanto isso, no Senado, Palpatine declara-se Imperador e todos aceitam. Anakin destrói os líderes separatistas e permanece no planeta, aguardando ordens de seu novo mestre. Yoda ordena que Obi-Wan mate Anakin, que havia se tornado Darth Vader. Obi-Wan vai procurar por Anakin na casa de Padmé e conta para a mesma que viu um holograma de segurança em que via Anakin matando crianças, que ele havia passado para o lado negro. Padmé recusa-se a aceitar e Obi-Wan descobre que Anakin é o pai do bebê que Padmé esperava. Ele se retira e Padmé decide ir ate Anakin acompanhada apenas de C3PO. Sem que ela perceba, Obi-Wan entra na nave e lá fica escondido.
Yoda vai até Sidious, com quem trava uma luta, enquanto Padmé encontra Anakin. Ela diz o que Obi-Wan lhe havia contado e Anakin diz que não irá perdê-la como perdeu sua mãe e que está fazendo tudo isso para poder protegê-la. Ela propõe que ele abandone tudo e que fujam juntos para criar o filho. Ele diz que não precisam fugir, pois agora ele pode fazer tudo da forma que quiser, controlando a Galáxia. Padmé fica horrorizada, discordando dos planos de Anakin. Obi-Wan aparece e Anakin estrangula Padmé a distancia usando a Força e
fazendo-a desmaiar. Analkin grita com Obi-Wan dizendo que ele jogou Padmé contra ele e Obi-Wan diz que Anakin mesmo fez isso, eles lutam ao mesmo tempo que Yoda e o Imperador lutam. Yoda perde o combate e foge com o Senador Organa. Sidious pressente que Darth Vader corre perigo e vai em sua busca. Anakin, após um longo combate com Obi-Wan, se encontra em uma plataforma dentro de um rio de lava enquanto Obi-Wan encontrava-se na margem, em terra firme. Obi-Wan o adverte de que acabou o combate, pois ele estava em um nível superior. Anakin diz exaltado: “Você subestima meu poder”. Obi-Wan o adverte a não tentar, mas Anakin tenta saltar sobre Obi-Wan, que em um único golpe, arranca-lhe um braço e duas pernas. Anakin começa a rolar para o rio de lava, apenas segurando-se com o seu braço mecânico. Obi-Wan diz: “Você era o escolhido! Deveria destruir o Sith e não se juntar a eles! Trazer equilíbrio à Força, não deixá-la na escuridão!”. Anakin grita: “Eu odeio você!”. Obi-Wan: “Você era meu irmão, Anakin. Eu amava você”.
Anakin começa a ser queimado pela lava, pois se encontrava bem próximo à ela. Obi-Wan pega o sabre do mesmo e se retira, deixando o queimar vivo.
Obi-Wan volta para a nave, levando Padmé, R2 e C3PO.
Vader consegue escapar das chamas, ficando com seu corpo todo queimado, e é socorrido por Sidious, que o recolhe e o leva para Coruscant em uma cápsula médica.
Obi-Wan contacta Senador Organa e vai em seu encontro. Ele chega com Padmé nos braços pedindo um médico. Ela dá luz a um casal de gêmeos, batizando-os e falecendo em seguida. Vader é levado para uma sala de cirurgia onde rapidamente é montado sobre ele um traje mecânico. Vader pergunta para Sidious sobre Padmé e Sidious lhe responde: “Parece que, em sua raiva, você a matou!”. Vader fica furioso e grita.
Yoda, Obi-Wan e Organa decidem que todos devem desaparecer e que as crianças devem ser separadas e escondidas. Organa diz que levará a menina e Obi-Wan pergunta sobre o menino. Yoda lhe responde: “Para Tatooine. Para sua família deve mandá-lo”.
Obi-Wan se compromete em levar o menino e cuidar dele. Organa se retira e Yoda fala para Obi-Wan: “Em sua solidão em Tatooine, tenho um treinamento para você. Um velho amigo aprendeu o caminho da imortalidade. Ele voltou do reino dos mortos da Força. Seu antigo mestre”.
Obi-Wan surpreso, lembrando-se de Qui-Gon Jinn, ouve Yoda que ainda lhe fala: “Como conversar com ele, eu vou ensinar a você”.
Padmé é velada em Naboo segurando em suas mãos o colar que Anakin lhe fizera aos 10 anos de idade. Vader ao lado de Sidious olha de uma nave, a construção de uma gigante base espacial do recém formado Império.
O filme termina com Obi-Wan entregando o menino Luke para o meio irmão de Anakin e sua esposa.